自分の命を助けてくれたモンロー大佐の恩義に報いる為に、古巣のアサシン教団と戦うシェイ。
その中でシェイが死んでなかった事が教団側にもバレて逆に向こうから突撃され、かつての仲間の一人（ケセゴワーセ）に手を下す
しかしこの攻撃で元相棒のリアムによりモンローを失ったシェイは後に引き返せなくなり、正式に儀式を受けてテンプル騎士団の一員となります。
シェイの新たな上司は、『Ⅳ』のエドワードの息子で、『Ⅲ』のコナーの父である、あのへイザム・ケンウェイ。
先駆者（第一文明）の秘宝への接触を阻止する為、へイザムの下でかつての仲間であるアサシン達を手にかけていくシェイ。
過去作で仲間だったアドウェール（1枚目）に手を下して最期を迎えさせるのはやっぱり辛い
自分の正義の為とは言え、ホープ（2枚目）に手をかけた時には、まだアサシンが抜けてないのか迷いも見せたシェイ。
そんなシェイに「アイツはクソッタレだ！」と直球でディスられてウッキウキで殺されるシュヴァリエの人徳の無さよ…。
「キレる」以外の感情が無く、常に攻撃的で誰にでもキレ散らかして、シェイを直接撃って冬の海に落とした基地外でもあるのでコイツだけは残当
ホープが命懸けで北極の先駆者の遺跡に向かわせたアキレスとリアムを追って、自身もそちらに向かうシェイ。
アキレスたちが遺跡で手に入れようとした秘宝は、シリーズでお馴染みの「エデンのリンゴ」（使うと人々を意のままに操れる代物）ではなく、むしろ世界を安定させる為の装置だった。
この後の『Ⅲ』の時代に北米のアサシン教団が壊滅状態になり、アキレスが隠居してたのは何故かというのが『ローグ』のストーリーなのだが、その答えはアキレスが物語の最初でシェイの警告に耳を貸さずに遺跡探索を強行し、シェイを裏切り者扱いしたから。
言わば、アキレスの勘違いで誤って秘宝に手を出したせいで、ハイチとリスボンで2度も大災害を起こしてしまった事に。
それでシェイをテンプル騎士団にみすみす手渡し、アドウェールや他のアサシン達も悉く失ってしまったのは、結局アキレスの自業自得という事に。
アキレス、何という無能上司
どこかの総理じゃないが、アキレスに少しでも「聞く力」があれば…。
二度ある事は三度ある、またしても秘宝に手を出したせいで遺跡が崩壊する中で、リアムもシェイとの殺し合いの末に死亡。
アキレスもへイザムに殺されかけるが、シェイの取りなしで命だけは救われるも、腹立ち紛れにへイザムに脚を銃で撃たれて重傷を負う
（なので『Ⅲ』でアキレスは脚が不自由になり杖をついていた。）
普段はクールなへイザムも、こういう感じで突発的にカッとなってやらかしちゃう所はやっぱりあの荒っぽいエドワードの息子だなぁと、『Ⅲ』と『Ⅳ』を経た今なら理解出来る。
後にこの仇を自分の息子でアキレスの弟子でもあるコナーに討たれるのも含めて「ケンウェイサーガ」の〆と言うか、こうやって過去と現在がどんどん繫がっていく所がアサクリの面白さの一つだなと思います
エピローグ。
20年後、フランス・ヴェルサイユ宮殿にいたシェイは、シャルル・ドリアンという男を暗殺する。
そこにいた少年と少女↑
→次回作の主人公とヒロインです
（シャルルの息子・アルノとエリス）
時代の歯車が噛み合っていれば、仲間たちにも手をかけずにアサシンのままでいられたかも知れないが、運命を呪わずその後もテンプル騎士として生き続けるシェイであった。（おわり）
忘れちゃいけねぇ現代編
見事シェイの記憶を最後まで見届けた主人公は、現代のテンプル騎士であるアブスターゴの皆さんに「お誘い」を受けて終了。
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アメリカ三部作の最終章にして、テンプル騎士団側をメインに据えた異色作。
