政府は、米国立衛生研究所（ＮＩＨ）をモデルに設置される医療分野の研究開発の司令塔「日本版ＮＩＨ」の中核となる新たな独立行政法人として、「日本医療研究開発機構」（仮称）を設置する方向で調整に入った。
２０１４年度にも設置され、政府の健康・医療戦略推進本部（本部長・安倍首相）が決定する重点分野や目標に沿って、どの大学や研究機関に資金を配分するかを判断する。
機構では、実用化が見込まれるテーマを選定するため、「プログラムディレクター」と呼ばれる専門職を配置する予定で、研究の進捗(しんちょく)管理や事後 評価なども行う。医療分野での国の研究支援は、現在複数の独法が行っているが、機構に一元化することで、予算配分の重複などをなくすのが狙いだ。