超大型巨人が門を壊したのは２回（845年、5年後の850年）
鎧の巨人は1回（845年）
いずれも門を破壊しましたが、人間を食べたり、殴り殺したりなどのシーンはなく、すぐに消えてしまいました。
後でわかることですが、人類を100年間守り続けてきた壁は、巨人で作られています。
超大型巨人であるベルトルトと鎧の巨人であるライナーはおそらくそれを知っているため、門の破壊はしますが、壁の破壊はしていません。
何か引っかかりませんか？
門を破られたとき、調査兵団は不在だったため、彼らの力ならもっと早く街を侵略できたし、もしかしたらウォールローゼの門の破壊もできたかもしれません。
それにも関わらず、ウォールマリアの門の破壊以外は何もしなかった。
その目的は、人類の侵略ではなく、"誰かを探していた"のではないでしょうか？
おそらく目的は巨人化できる人間でしょう。
ライナー、ベルトルト、アニは何者かから使命を与えられている可能性が高い。
ライナー、ベルトルトは故郷に変えるために何者かに従う。アニは不明だが使命は同じ。
何者かの目的は不明ですが、おそらく人類を絶滅させることだと思います。
（ライナーが人類すべてに消えてもらうことが目的であると打ち明けたため）
方法はわかりませんが、探している人間を使うことは間違いないでしょう。
もし人類を追い詰めた時に自分たち以外に巨人化する人間がいるとすれば、それは明らかに自分たちと
は違う目的で動いている＝仲間ではないため、探し求めていた人間であると判断できます。
そのため、下手に自分たちが暴れてしまうとその人間も殺しかねないと思ったのでしょう。
しかし、エレンはまだグリシャに巨人の力を与えられていなかったため、ライナーたちは見つけることができなかった。
アニメで避難したアニが配給品をもらってるシーンがあるのですが、あれは普通の人間に紛れて目的の人間を探すため、あの場所にいたのではないでしょうか。
ライナーとベルトルトは同じ調査兵団に入ったのに、アニは憲兵団に入ったのも、役割分担のためかと思います。
しかし人類に痛手を負わしたのにも関わらず、目的の人間は現れませんでした。
そこでライナー、ベルトルト、アニはある行動をとりました。
それは訓練兵に潜り込むことでした。
訓練兵は各地から巨人に立ち向かう技術を学ぶために多くの人間が集まります。
もし今回の襲撃で巨人に対する怒りを持った巨人化できる人間がいるとするならば、次の年に訓練兵に志願すると思ったからである。
そして3人は5年間、訓練兵の内部から巨人化できる人間を探していました。
巨人化は何かをきっかけに発現する力であることを3人は知っていたため、訓練中にもし命の危機に瀕する何かがあれば、巨人化すると予想したのでしょう。
しかし、そんな日がこないまま訓練兵は卒業の日を迎えました。
結局3人は巨人化できる人間を見つけることができませんでした。
そこで焦ったベルトルトは最後の手段に出ました。
訓練兵の中に巨人化出来る人間がいるとするなら、今しかない。
調査兵団も遠くにいるため、すぐに駆けつけることはできない。
ということで再び超大型巨人となって門を破壊しました。
侵略が目的ではないため、怒りを露にしたエレンの攻撃を逃れ、その場から消えるように立ち去ります。
そしてついに巨人化できる目的の人間（エレン）をみつけました。
ですが、エレンは暴れたあとに処刑されそうになったため3人はかなり焦りの表情を浮かべています。（アニメでわかると思います）
実際にあのアニですら、エレンが殺されないように「あの巨人が人類の味方になるとすれば？」といって警戒する仲間からエレンを庇っています。
その後、エレンの処刑は免れますが、壁の穴をエレンが塞ぐ作戦で巨人化したエレン自らを制御できずに暴走したため、アニを含む3人はエレンが殺されると感じました。
そこでアニはエレンの暴走を止める、または守るために巨人化しました。
しかし、巨人化する瞬間をマルコを含む数名に目撃されたため、口封じのために殺しました。
アニメではマルコが最後に何かを見たシーンが追加されています。
そしてマルコの死体周辺には、食われたものではない死体が転がっています。
普通の巨人は人間を食ったあと消化できずに吐き出すことと、アニがマルコの立体起動装置を持っていたことからアニがマルコ及びその周りにいた人間を殺したことはほぼ確定だと思います。
その後目的の人間が誰かわかった3人はついに本格的に動き出します。
憲兵団に入ったアニが、エレンをさらうために巨人化し、調査兵団を襲います。ライナー、ベルトルトは調査兵団内部からエレンの位置をアニに知らせるため、暗躍します。
アニが同じ調査兵団に入らなかったのはアリバイを作るためでしょう。
アニがライナーを掴んだシーンがありました。
なぜ仲間であるライナーを襲ったのでしょう
普通他の巨人より強いアニに掴まれれば無事ではすまない。
ですがライナーはアニの手を切りつけ、その場からほとんど無傷で逃れました。
このとき、アニが自分の手をじっと見ていることと、それからすぐにエレンの元に向かったことからライナーがエレンの居場所を知らせたことがわかります。
・・・・と憶測がほとんどですが、かなり長くなってしまうので中途半端ですがここで一旦区切ります。