第二幕
魔女が迫る~この幸せ
数年後、グリンダはオズの「良い魔女」として人気者となり、エルファバは「悪い魔女」として追われる身となっていた。
国民の前で、魔女討伐隊の隊長となっていたフィエロとの婚約を突然発表するグリンダ。驚きつつも表向きは受入れるフィエロ。
人気者になりフィエロと結婚するという夢が叶い嬉しいはずのグリンダだが、フィエロの心が自分にないことを感じ「これが私の望んでいた幸せなの…？」と寂しく思っていた。
一方、エルファバの祖国マンチキンでは亡くなった父の跡を継ぎネッサローズが総督となっていた。エルファバが現れ、かくまってくれるように懇願する。ネッサは、父は貴女が悪い魔女になったことで心労で死んだ！自分のことも放置し助けてくれなかった！なぜ貴女を助けなきゃいけないの！？と怒りをぶつける。
エルファバは今更ながら妹を助けようと、ネッサの靴に魔法をかけネッサは歩けるようになる。
そこへずっと面倒を見ていたボックが現れ、歩けるようになったネッサを見て大喜び。喜びの理由は「もう君は一人で大丈夫だ！僕はグリンダの元に行く！」だった。
怒ったネッサがエルファバから魔法の本を奪い、めちゃくちゃに呪文を唱えると、ボックは胸を押さえ苦しみ始める。我に返ったネッサにボックを助けてと懇願されたエルファバは、ボックが心臓がなくても生きられるようブリキ男に変身させ助けて去る。
気が付いたボックは自分がブリキ男になっていることに衝撃を受け走り去る。
ワンダフル
エメラルドシティーに舞い戻ったエルファバにオズ陛下は再度「私と手を組もう」と誘う。
捕えられていた羽の生えた猿の解放を条件にその手を取ったエルファバだったが、言葉を完全に奪われ「メェェェ」としか言えないディラモンドと再会し、やはりあなたと仲間にはなれない！と反旗を翻す。
私じゃない~リプライズ
身の危険を感じたオズ陛下は護衛兵を呼び、フィエロとグリンダが真っ先に現れる。
実はフィエロはエルファバを誰よりも早く見つけ、一緒に逃げる為に魔女討伐隊長になっていた。
フィエロはグリンダに「エルファバと共に行く」と告げ二人は去る。グリンダは絶望、その絶望はエルファバへの憎しみに変わり、マダム・モリブルにネッサを使えばエルファバをおびき出せると提案する。マダムは噂を流すだけではエルファバに気付かれると考え、魔法で竜巻を起こす。（実際にネッサに害を与える）
二人は永遠に
気持ちを確かめ合ったエルファバとフィエロだったが、エルファバの耳にネッサの悲鳴が聞こえる。
急ぎ向かったマンチキンで見たのは、カンザスから（モリブルの）竜巻に飛ばされて来たドロシーの家の下敷きになって死んだネッサの姿だった。（東の魔女の死亡）
彼女の形見となった靴は、ドロシーが履いて行ってしまっていた。
現れたグリンダに自分を誘き出すために妹を殺すなんて！と怒るエルファバ。（「悪い魔女」の道を選んだ自分に対する後悔も含む？）
護衛兵がエルファバを捕えようとするが、助けに来たフィエロが身代わりに捕まってエルファバを逃し、拷問を受ける身となる。
闇に生きる
フィエロと落ち合うはずだったウィンキー国の城で、フィエロを助けようと懸命に呪文を唱えるエルファバ。
「フィエロを助けられないならもう何もいらない！悪い魔女として生きていく！」と闇に生きる決意をするエルファバ。
魔女を殺せ
オズの国では、ブリキ男ボックが魔女狩りを先導していた。（ボックは命を助けるためにブリキ男にされたとは知らないので純粋にこんな身体にしたエルファバを恨んでいる）
魔女を殺せ！と叫ぶ国民を見たグリンダは、マダム・モリブルに皆を止めるよう懇願するが、「人気者になりたいと望んだのはあなたでしょう？」と言われてしまう。
あなたを忘れない
ネッサの靴を取り返すべくドロシーを捕らえたエルファバの城に彼女を心配したグリンダが現れる。もう元には戻れない！どうしろって言うの！と拒絶するエルファバの元に、猿が手紙を持参。
それを読んだエルファバはグリンダに「私達もう2度と彼の顔を見られないわ」と告げる。
（グリンダはフィエロが拷問で死んだと受け取ったが、ここは多分フィエロから「自分はカカシに変身して逃げられたから落ち合って一緒に逃げよう」という手紙と思われる。エルファバはフィエロが拷問で身体中の骨を折られるくらいならと骨のないカカシに変えていた。カカシの顔になったからもうイケメンフィエロには会えないという意味）
エルファバはグリンダに、自分にはできないがグリンダにはできるから、これからも善い魔女として生きて欲しいと告げる。
グリンダは皆に真実を話そう（そうすればエルファバは悪い魔女じゃないと証明できる）と提案するが、エルファバはそれを止め、魔法の本をグリンダに託してカーテンの裏にグリンダを隠す。
そして、エルファバはドロシーにバケツの水をかけられ、溶けてしまう（なぜ！？）。残っていたのは魔女の帽子と彼女の母親の形見の緑の小瓶。
その小瓶を見て、ある人物が同じものを持っていたと気づいたグリンダは、エメラルドシティーに戻り、オズ陛下に小瓶を見せながらエルファバの死を告げる。
「彼女はこれを母親の形見だと言っていました。」
ここでエルファバが自分の娘であったことにようやく気づくオズ陛下。
グリンダはオズ陛下をオズから追放。マダム・モリブルをも護衛兵に捕えさせ、自分が全てを飲み込んでオズの国の善い魔女として生き続ける決意をしシャボン玉に乗る。
フィナーレ
場面は冒頭に戻り、グリンダは
「私は皆さんの力となりたい。想いを託してくれた人たちのためにも、『善い魔女』グリンダとしてこの身を捧げます」
と宣言。
そんなグリンダを遠くから見つめる二つの影。
カカシのフィエロと、実は生きていたエルファバは、手紙の約束通り落ち合っていた。
「グリンダだけには私達が生きていると伝えたい」というエルファバに「知らない方がいい。知られちゃいけないんだ」と止めるフィエロ。
そして二人は手を繋ぎオズから去るのだった。
おしまい。
