７歳のイギリス少年「ピカソの再来か」と話題、世界から注文
こんな絵です →
こちらこんな絵は好きです。
こんばんは、エナリです
さて本日は前回もお話しした通り、
NBIメンバー書きまつがい・日本語おかしいだろ選手権（笑）
の公開です。
何度かこのブログで報告している通り、
僕は（学部生からすれば）教える立場です。
自分もそれを仕事にしたいと思っています。
そんな中でレポートを見る事があります。
断っておきますが、僕は成績を付けれるほど立場が上ではないです。
ただ先生達が見る前に「こんな感じ？」みたいな感想を付けるわけです。
あ、プライバシーもあるので当たり前ですが名前は挙げません。
それでは始めましょう。
今回の実習内容の大まかな内容
A：５つの異なるファミリー内での配列・構造類似性を調べることで、タンパク質全体における配列と構造の関係を知る。
B：イネ由来PARP-1の構造をドメイン単位でモデリングする。
今回、モデリングにはEasyModellerを使用しました。これまでの学生(3回生以上)でモデリングの実習をおこなった時にはWebアプリケーションのSWISSMODELを使用していましたが、何となく気分でこちらを使ったそうな。
その１
イネ由来PARP-1のアミノ酸配列を「習得した」
↓
取得したですね。アミノ酸配列を「覚えて身につける」とは。たしかPARP-1の配列って1000近かった・・・全部暗記
その２
～と配列類似性を持つタンパク質の立体構造を「Chimeraに重ね合わせ」～
↓
Chimeraを使用して、ですね。Chimeraとは、あるフォーマットで書かれたデータを読み込んでタンパク質の立体構造を表示したり、データに基づいて様々な計算をおこなえる「ソフトウェア」です。ソフトウェアとタンパク構造を重ね合わせるのは至難の業（笑）
その３
鋳型タンパク質のホモロジーモデリングをおこなった。
↓
ん？「鋳型タンパク質」のモデリング？
いやいや、モデリングするのはPARP-1のドメインであって、鋳型タンパク質ではないです（笑）鋳型タンパクを使って、モデリングするわけですね。
その４
アミノ酸配列を貼付け、モデル構造をおこない～～～～
↓
モデル構造をおこなう？？？？？モデリングをおこなうんです（笑）
これはMVP候補か！？（笑）
その５
2D1RをPDBでE cut offを0.001に設定すると～
↓
もはや意味不明（笑）
たぶん「2D1Rをquery（検索配列）としてPDBに対してE cut off を0.001の条件で検索をおこない～」ってことでしょうね。
その６
（検索配列とヒット配列の）両者は同じ分子にあるタンパク質で～
↓
分子の中に存在するタンパク質とは、これ如何に（笑）タンパク質は巨大分子です（笑）
たぶん、「同じ分子であるタンパク質で～」と書きたかったんだろう。まぁ例えそうだとしてもおかしいですが。
その７
アミノ酸配列をFAST形式で取得
↓
これは単純なタイプミスですね。
ちなみにFASTはBLASTなどと一緒で相同性検索のツールのひとつです。
その８
～～予測精度は高いとはいえないものの、まあまあいいことがわかる。
↓
レポートに「まあまあ」て（笑）
口語調で書いてしまいました（笑）
MVP候補その２（笑）
その９
本実習の予測精度は低いと考えられる。
↓
実習の精度が低いのか
テキスト頑張って作ったのになぁ。。。
これは言葉足らずですね。
本実習でおこなったPARP-1の各ドメインのモデル構造の精度は～
って感じでしょうか。
その１０
～を利用して構造予測から機能予測をおこなった。
↓
機能予測していませんけど！！！！！（笑）
その１１
PARP-1について、個々なのドメインの～
↓
個々「なの」。なんか可愛らしい雰囲気かもちだしてますね（笑）
その１２
～～～モデル構造的に適切と考えられる～～～
↓
モデル構造的・・・みたいな？（笑）
これは「モデル構造として適切である」って書いた方が良いですね。
まぁこんなところでしょうか（笑）
MVPは無しですね（笑）
いや、でも良く出来ていると思います。
メンバーだけに限らず、良くある間違い、書き方として
×アライメント
○アラインメント
これは実習ノートを提出していたら間違えませんよね。
実習ノートは僕が採点したんですけど、
僕は「アライメント」を全て△で採点しましたから。
また、今まで指摘を受けているはずだと思うんですけど、
結果を現在形で書いている子がまだ結構いるんですよね。
結果は「過去のおこなったものを表す」ものですから、
過去形で書かないとダメです。
また、レポートなのにです、ます調で書いてる。
いや、別にダメだとは言わないけど、レポート全体で統一しましょうって感じですね。
統一って言葉が出て来たのでついでに。
タンパク質・たんぱく質を統一しましょう（笑）
レポート中で同じ単語は同じ変換で表記しましょうね。
どこで見たかは忘れましたが、
タンパク質、たんぱく質、蛋白質って表記はそれぞれ意味が違うらしいですよ。
また見つけたらこの記事に書きます。
とまぁこんな感じになっていました。
メンバーの子が見ていたら、ぜひコメントしていただきたい記事になりました（笑）
皆さんテスト期間で忙しいと思いますし、
そんな暇はないと思いますけどね。
テストは３日かららしい。
月曜・火曜に僕のところに来てくれれば、教えれる事はなんでも教えます。
時間が時間であれば、ジャスミンティー&パイの実をご馳走します（笑）
みなさん、テスト勉強頑張ってくださいね
それでは
(笑)
