こんばんは、エナリです
え～、この記事を書いている現在時刻AM3:30・・・
大学に教職員・学生は僕だけです。
普段は居るような研究室の人も今日は居ないみたい。
久しぶりにこんな感じです。
僕が３年生の時に学祭の書類云々でひっそりと隠れていた時に僕だけになったことがありますが。。。
まさか僕だけになるとは
で、こんな時間まで何をしているかと言うとですね、
一応、ちゃんと研究活動です。
いや、帰りたいんですよ。
帰りたいんですけどね。
お国から言い渡されております研究で、
その名も「ターゲットタンパク研究プログラム」というものがありまして、
私＋私のボス・にゅう様がその一端を研究しておりますわけで、
その研究報告会が次の月曜・火曜でおこなわれるわけでして、
にゅう様「報告会ではエナリ君にやってもらってるやつの報告するから
」
僕「はぁ。」
にゅう様「１０分～１５分くらいなので、スライド７～９枚でまとめてほしいな」
僕「・・・はぁ。」
にゅう様「ということで、よろしく
」
はぁ・・・
で、現在に至るわけです。
明日には同じ研究グループの九州大学の先生にスライドデータをお渡ししたいということなので、
今日一日頑張っていたわけです。
というより、現在進行形で頑張っているんですけど、まだ終わってなくて現実逃避です。
ま、現実逃避は重要です。
この記事を書き終わったら続きをしますよ
で、具体的にどんな仕事をしているかと言うとですね。
これは新３回生には伝わりやすい内容です。
ターゲットタンパク研究プログラムが発足することになったそもそもの理由として、
先行研究プログラムである「タンパク３０００プロジェクト」があります。
タンパク３０００では「とりあえず何でも良いからタンパク質の立体構造決めちゃおうぜ！！！」って感じで、
バシバシとタンパク質の立体構造を決定していったわけです。
そのおかげでタンパク質立体構造データベースにはかなり大量のタンパク立体構造データが蓄積されました。
で、そのときに問題になったのが立体構造を決められないタンパク質。
今回の場合、サイズの大きなタンパク質のことだと思ってください。
サイズの大きなタンパク質は分割して決めることがおこなわれています。
もちろんタンパク３０００でもこうして分割して決められたタンパク質の部品がたくさん決められました。
しかし、分割して決めたものの、
どの部分とどの部分が、どうやってくっついて全体構造を取っているのか分かりません。
ま、当然ですけど。
全体構造分からないんだったら、意味ないじゃん！
じゃあ、その全体構造を予測しましょう！！！
ってのが僕の研究その１です。
しかも、もう少し詳しく言うと、
部品すら決まっていないタンパク質については、
アミノ酸配列から部品の形を予測して、それから決めちゃえ！！！
って感じのことです。
これら一連の流れを一気にやってくれるシステムの構築
ってのが僕のやってる内容です。
ここで言っている部品ってのが、ドメインってやつです。
このシステム（の考え方）が本当に有用なものなのかを
実際に構築して、テスト運用して、そのシステムを評価して・・・
ってことをしていて
その内容について、にゅう様が研究報告会で報告されるそうな。
評価については、
予測した構造と実際の構造を重ね合わせてRMSDを測定して・・・
普通の構造予測より、予測精度が高いでしょ！？っていうことを言うつもりです。
難しいですねぇ。
あ、内容を僕が考えたわけじゃないですよ。
ただ言われたことを実行している作業員ですから
作業員っていうことを言うと、にゅう様に怒られますが（笑）
研究その１と書きましたけど、
研究その２とその３は現在ストップ。
たぶん２ヶ月くらい前からストップ（笑）
さらに、４月開始の来年度には研究その４とその５が追加されそうな予感
その３、その４、その５は共同研究です。
まぁ。
その３についてはうちの研究室なら請け負うだろうって内容ですけど、
その４、その５については、
なぜ？？？？？って感じ。
おおざっぱに言うと次世代シーケンサーのデータ解析です。
そんなんはうちの研究室じゃなくて隣りのデータベースデータベース言うてるおじいちゃんとこの研究室の人に任せたら良いじゃん！！！
って思っているのは僕だけじゃないはず。
たぶんボスも思っているはず。
でもボスは人が良いから言われたら請け負ってます。
ちょっと前までウイルス研からとか、
３研究室合同でプロテアソーム阻害剤の研究とか
あ、これは今もやってるのか。
学内だけならまだしも、
学外にも僕が知っているだけで３つくらい共同研究張ってる。
お願いだから死なないでくださいと言いたいです。
そんなにゅう様の負荷軽減のために僕も日夜研究に勤しんでいるわけです。
さ、そろそろ現実に戻るとしましょう。
また機会があれば僕の研究その２についてお話ししたいと思います。
それでは
え～、この記事を書いている現在時刻AM3:30・・・
大学に教職員・学生は僕だけです。
普段は居るような研究室の人も今日は居ないみたい。
久しぶりにこんな感じです。
僕が３年生の時に学祭の書類云々でひっそりと隠れていた時に僕だけになったことがありますが。。。
まさか僕だけになるとは
で、こんな時間まで何をしているかと言うとですね、
一応、ちゃんと研究活動です。
いや、帰りたいんですよ。
帰りたいんですけどね。
お国から言い渡されております研究で、
その名も「ターゲットタンパク研究プログラム」というものがありまして、
私＋私のボス・にゅう様がその一端を研究しておりますわけで、
その研究報告会が次の月曜・火曜でおこなわれるわけでして、
にゅう様「報告会ではエナリ君にやってもらってるやつの報告するから
」僕「はぁ。」
にゅう様「１０分～１５分くらいなので、スライド７～９枚でまとめてほしいな
」僕「・・・はぁ。」
にゅう様「ということで、よろしく
」はぁ・・・
で、現在に至るわけです。
明日には同じ研究グループの九州大学の先生にスライドデータをお渡ししたいということなので、
今日一日頑張っていたわけです。
というより、現在進行形で頑張っているんですけど、まだ終わってなくて現実逃避です。
ま、現実逃避は重要です。
この記事を書き終わったら続きをしますよ
で、具体的にどんな仕事をしているかと言うとですね。
これは新３回生には伝わりやすい内容です。
ターゲットタンパク研究プログラムが発足することになったそもそもの理由として、
先行研究プログラムである「タンパク３０００プロジェクト」があります。
タンパク３０００では「とりあえず何でも良いからタンパク質の立体構造決めちゃおうぜ！！！」って感じで、
バシバシとタンパク質の立体構造を決定していったわけです。
そのおかげでタンパク質立体構造データベースにはかなり大量のタンパク立体構造データが蓄積されました。
で、そのときに問題になったのが立体構造を決められないタンパク質。
今回の場合、サイズの大きなタンパク質のことだと思ってください。
サイズの大きなタンパク質は分割して決めることがおこなわれています。
もちろんタンパク３０００でもこうして分割して決められたタンパク質の部品がたくさん決められました。
しかし、分割して決めたものの、
どの部分とどの部分が、どうやってくっついて全体構造を取っているのか分かりません。
ま、当然ですけど。
全体構造分からないんだったら、意味ないじゃん！
じゃあ、その全体構造を予測しましょう！！！
ってのが僕の研究その１です。
しかも、もう少し詳しく言うと、
部品すら決まっていないタンパク質については、
アミノ酸配列から部品の形を予測して、それから決めちゃえ！！！
って感じのことです。
これら一連の流れを一気にやってくれるシステムの構築
ってのが僕のやってる内容です。
ここで言っている部品ってのが、ドメインってやつです。
このシステム（の考え方）が本当に有用なものなのかを
実際に構築して、テスト運用して、そのシステムを評価して・・・
ってことをしていて
その内容について、にゅう様が研究報告会で報告されるそうな。
評価については、
予測した構造と実際の構造を重ね合わせてRMSDを測定して・・・
普通の構造予測より、予測精度が高いでしょ！？っていうことを言うつもりです。
難しいですねぇ。
あ、内容を僕が考えたわけじゃないですよ。
ただ言われたことを実行している作業員ですから
作業員っていうことを言うと、にゅう様に怒られますが（笑）
研究その１と書きましたけど、
研究その２とその３は現在ストップ。
たぶん２ヶ月くらい前からストップ（笑）
さらに、４月開始の来年度には研究その４とその５が追加されそうな予感
その３、その４、その５は共同研究です。
まぁ。
その３についてはうちの研究室なら請け負うだろうって内容ですけど、
その４、その５については、
なぜ？？？？？って感じ。
おおざっぱに言うと次世代シーケンサーのデータ解析です。
そんなんはうちの研究室じゃなくて隣りのデータベースデータベース言うてるおじいちゃんとこの研究室の人に任せたら良いじゃん！！！
って思っているのは僕だけじゃないはず。
たぶんボスも思っているはず。
でもボスは人が良いから言われたら請け負ってます。
ちょっと前までウイルス研からとか、
３研究室合同でプロテアソーム阻害剤の研究とか
あ、これは今もやってるのか。
学内だけならまだしも、
学外にも僕が知っているだけで３つくらい共同研究張ってる。
お願いだから死なないでくださいと言いたいです。
そんなにゅう様の負荷軽減のために僕も日夜研究に勤しんでいるわけです。
さ、そろそろ現実に戻るとしましょう。
また機会があれば僕の研究その２についてお話ししたいと思います。
それでは