〇エンディングと隠しルートについて
今作ではトロフィー対象になる4種類のエンディングと、トロフィーは獲得できないエンディングが1種類、そして特別な手段を経る「隠しルート」が存在する。概要は以下の通り。
・各種エンディング
「自殺エンド」…アラサカ・タワーには乗り込まない選択をすると「自殺エンド」が確定する。ジョニーは反対するものの「自分がタワーに乗り込めば、多くの人の命を犠牲にすることになる」とVが答えると「その発想はなかった」とジョニーも驚き、最終的に自殺に同意する流れとなる。今作のエンドロールでは、Vと関りの深い人々からビデオメッセージが流れるのだが、このエンディングの場合はVの自殺にショックを受ける様子を見ることになり、非常に辛い。エンディング報酬もトロフィーも獲得できないが最短でエンドロールが見られるルートでもある。
「太陽」エンド…疑似エンドトライジンを飲んでジョニーに一時的に身体を明け渡し、ジョニーとローグ達でアラサカ・タワーに乗り込む。スマッシャー戦の冒頭でローグが犠牲になるが、何とか勝ち＜神輿＞に到達。ジョニーとVの人格はオルトによって切り離されるが、既にVの肉体はV本人の人格では適合出来なくなっていた。その為、ジョニーに肉体を明け渡せばVの肉体で生き続けられるが、Vが肉体に戻っても余命半年であると宣告される。Vが自分の肉体に戻った場合「太陽」エンドが確定する（ジョニーに肉体を明け渡すと「節制」エンドとなる）。ジョニーはオルトの一部となってサイバー空間に戻っていった。事件後＜Relic＞に関するデータを失ったアラサカ社はその権力を失い、Vは亡きローグの後を継いでアフターライフの主となる。そのことで富と名声を手に入れたVは恋人（タワー襲撃前に電話をかけた相手）と高級住宅地で生活をしていたが余命僅か。人生の最後の「大仕事」を受けるために恋人と別れ、アフターライフで仕事を受注する。その仕事先は宇宙。宇宙服を着たVは、目標の「クリスタルパレス」に向けて宇宙空間に足を踏み出す。
「星」エンド…遮断薬を飲んでジョニーを眠らせ、Vとしてパナムらアルデカルドスのメンバー達と共にアラサカ・タワーに乗り込む。侵入経路は「太陽」のルートと異なる。途中多くの犠牲を払いながらも、V、パナム、ソウルはタワーに侵入。スマッシャー戦の冒頭ではソウルが犠牲になる。スマッシャー撃破後の流れは「太陽」と同じで、Vが肉体に戻れば「星」エンドが確定する（ジョニーに明け渡せば「節制」エンド）。事件後アラサカ社は力を失うが、アルデカルドスもそのままでは狙われる恐れがある為ナイトシティを出ることになる。Vもナイトシティを出る為、恋人（パナム以外）が別れの挨拶に来る。Vの体調は優れないがパナムは「何とか知り合いのつてを頼ってみる。絶対助けるから」とVを励ます。州境警備隊の追跡から逃れて、ついにナイトシティを出たVとパナム。ナイトシティでは感じられなかった自由の風に吹かれながら、Vとパナムは身体を寄せ合い満点の星空を見上げる。
「節制」エンド…上記のルートで「ジョニーに肉体を明け渡す」選択をするとこのエンドになる。Vの肉体を得たジョニーはVの自宅とは違う部屋でひっそりと生活をしていた。隣家の少年は父親に虐待を受けていたが「ロッカーボーイになりたい」という夢を見ており、ジョニーも時折ギターを教えるなどしていた。ジョニーは少年に悔いのない人生を送るよう、彼なりの考えを少年に伝える。ある日少年に車を出してもらったジョニーは楽器店に向かい高級なギターを購入する。その次に向かったのは慰霊堂。Vの墓に彼が持っていたアミュレットを捧げ「お前の事は忘れない」と誓うジョニー。最後はナイトシティの外に向かう高速バスに乗るべくバスターミナルへ向かう。少年の車にわざと高級ギターを残してバスに乗り、単身ナイトシティを離れるジョニー。彼は今後どんな人生を歩むだろうか。ちなみにローグが生存している場合、Vの人格が消え去ったことを知っているのはローグのみであることがエンドロールで示唆される。
「悪魔」エンド…遮断薬でジョニーを眠らせ、ハナコ・アラサカを頼るルート。タケムラの生死に関わらず見ることが出来るエンディングだが、トロフィー獲得にはタケムラの生存が条件になっている。ハナコの動きを察知したヨリノブは彼女をアラサカ・エステートに軟禁。V、タケムラ、ヘルマンで乗り込みハナコを救出する。その後、アラサカ・タワー内部でハナコからあるものを見せられる。それはコピーされたサブロウの人格データであった。彼は肉体を持たない状態であったが会話できる状態にあり、ハナコはサブロウの指示で動いていたことが判明する（ジャッキーの遺体が奪われていた場合、ここでジャッキーと会話をすることもできるが不完全なデータである為、かつて彼が発していた言葉を述べるのみであった）。アラサカの臨時役員会議に乱入したVはサブロウの死の真相を証言するが信用されない。そこでハナコがサブロウの人格データを映し出し、彼が話始めると役員たちは恐れおののき、彼の命令に従うと誓う。そこへヨリノブが精鋭部隊を派遣。Vはタケムラとその部下たちの援護を受けながら、タワー最深部を目指す。スマッシャー戦では誰も犠牲にならず、ついにヨリノブの元にたどり着く。ヨリノブはすでに観念した様子で持っていた銃も床に放っていた。サブロウという父の存在とその恐怖について語っていると、ハナコが入ってくる。ハナコがヨリノブを抱きしめると「もう疲れた」と力なく呟くヨリノブ。ハナコの命令で、ヘルマンの後をついていき、チップの摘出手術に向かうV。これで助かった・・はずだったが。
気づけば病院のような場所にいるV。ここはアラサカの人工衛星の中だという。チップは摘出できたとの話だが、体調が回復しないV。ニュース番組でサブロウがヨリノブの身体に人格データを移し、この世に復活したという事実を知る。悍ましい話ではあるが、毎日意味の分からない検査を受けさせられているVにはなすすべもなく。ある日ついにフラストレーションを爆発させたVの前にタケムラが現れる（タケムラ死亡のケースは未確認）。彼の話によりと、チップは摘出できたがVの人格データはもはや肉体に適合できない状態にあり、このままでは余命僅かだという。Vに残された選択肢は2つ。ソウルキラーを使って人格コンストラクトとなり、適合する肉体に出会うまで待つか。それともナイトシティに戻って余生を過ごすか。なお、サブロウの場合は実子の肉体だったためすんなり適合出来たが、今のVには適合する肉体はないという。ソウルキラーを使う選択をするとタケムラに「賢明な判断だ」と言われ、手術室へ向かうことになる。ナイトシティへ戻る場合はタケムラに「残念だ」と言われ、別れを告げて脱出口へ向かうことになる。ジョニーや仲間を裏切ってまで選んだこの道は、本当に正しかったのだろうか。
・隠しルートについて
ジョニーの遺体が埋まっている場所でのジョニーの会話イベント。ここで正しい選択をすると、アラサカ・タワーに乗り込む際「誰にも頼らず単身アラサカ・タワーに乗り込む」ルートが出現する（詳細は各攻略サイトを参照のこと）。このルートでは真正面から乗り込みことになる為、敵は常に警戒状態であり「物陰に隠れて一人ずつハッキングで仕留める」手段は通用せず、敵の数も多く被ダメも数倍になっており攻略がかなり難しい。しかもVの身体が衰弱し、体力の最大値が少しずつ減少する仕様なのでしっかりレベル上げして、武器やアイテムも準備して臨む必要がある。ナツメは未確認だが、途中での手動セーブは出来ず一度死亡すると問答無用で自殺エンドとなる模様。
＜神輿＞の侵入した後は、結局Vが肉体に戻るか、ジョニーに明け渡すかの選択となり前者なら「太陽」エンド、後者なら「節制」エンドとなる。但し「太陽」エンドの場合はローグが生存しており、偉業を成し遂げたVにアフターライフの主人の座を彼女から引き継いだ形になっている。