建築工事が進み、ようやく柱が立った頃、棟木(むなぎ)を上げる前に「上棟祭(じょうとうさい)」を行い、工事の安全と建物の堅固長久を祈念します。
地鎮祭は土地の神さまに対して行われる祭儀ですが、上棟祭は建築に関わる神さまである、屋船久久遅命(やふねくくのちのみこと)、屋船豊宇気姫命(やふねとようけひめのみこと)、手置帆負命(たおきほおいのみこと)、彦狭知命(ひこさしりのみこと)、産土神(うぶすながみ)をおまつりします。これらの神名を記した棟札を中央の柱に貼ります。棟札はずっと残ります。
式は地鎮祭と同様、「修祓」から始まり、「降神」、「献饌」、「祝詞奏上」と続きます。次の「曳綱(ひきつな)」で棟木を棟に上げ(省略の場合あり)、「槌打(つちうち)」の儀で、「千歳棟(せんざいとう)、万歳棟(まんざいとう)、永永棟(えいえいとう)」という威勢のよい掛け声とともに棟木を棟に打ち固めます。その後は、「玉串拝礼」「撤饌」「昇神」で儀式は終了します。