- 5月 - 保田圭 、市井紗耶香 と共にモーニング娘。の第2期メンバーとして加入。
- 10月 - 石黒彩 、飯田圭織 とグループ内ユニットタンポポ を結成。
- 12月31日 - モーニング娘。として、第40回日本レコード大賞 最優秀新人賞を受賞。NHK紅白歌合戦 初出場。
- 4月 - モーニング娘。4期メンバー吉澤ひとみ の教育係になる。
- 7月 - 辻希美 、加護亜依 とハロー!プロジェクト内の身長150cm以下（現在、辻は153cm[2] 、加護は155cm[3] である。）の3人組ユニットミニモニ。 を結成、リーダーとなる。後にミニモニ。はココナッツ娘。 のミカ を加え4人ユニットになる。
- 1月 - ミニモニ。正式デビュー。
- 4月 - 中澤裕子の後任としてニッポン放送 の名物人気番組、毎週木曜22:00からの2時間番組、オールナイトニッポンスーパー のパーソナリティとなる。当時、オールナイトニッポン 史上最も若いパーソナリティーとして、注目を集めた。
- 9月23日 - 飯田圭織、加護亜依と共にタンポポを卒業。
- 2月 - ミニモニ。を卒業。
- 4月 - 改編によるスーパー枠の消滅に伴い、オールナイトニッポンとしては終了。「あなたがいるから、矢口真里 」へリニューアル。毎週日曜23:00-24:30の生放送。
- 5月5日 - 保田圭（初代サブリーダー）のグループ卒業の後を受けて、モーニング娘。の第2代サブリーダーに就任。但し、就任当時は何処にも公表されてなかった。実際に「公表」したのは、ハロー!モーニング。 2003年8月3日放送分で、本人の口から明かされた。
- 5月19日 - ドラマ「こちら本池上署 」（TBS系）で連ドラ初出演（ゲスト出演）。
- 7月 - ZYX 結成。リーダー。
- 8月 - ROMANS （ロマンス）を結成。ハロー!プロジェクト初のセクシー系ユニット。
- 9月 - モーニング娘。を一時的に分割。矢口は安倍なつみ率いるモーニング娘。さくら組 に加入。
- 10月5日 - バラエティ番組 『笑う犬 の太陽』（フジテレビ 系）にレギュラー出演。
- 1月25日 - 安倍なつみの卒業により、「モーニング娘。さくら組」の第2代リーダーに就任。
- 10月5日 - エンターテイメント情報番組『やぐちひとり 』（テレビ朝日 ）放送開始。劇団ひとり と共にメインパーソナリティを務める。
- 1月30日 - 飯田圭織（第2代リーダー）のグループ卒業の後を受けて、モーニング娘。の第3代リーダーに就任。
- 3月27日 - 2年間続いた自身のラジオ番組「あなたがいるから、矢口真里」が終了。
- 4月10日 - 結果としてモーニング娘。メンバーでは最後になったコンサートが大阪厚生年金会館大ホールで行われる。
- 4月14日 - 翌日発売の写真週刊誌「フライデー」に掲載された、俳優・小栗旬 との2ショット記事を発端とし、モーニング娘。脱退を発表。即日ソロ活動開始。
- 6月以降 - バラエティ番組のスポット出演をソロで多数こなす。
- 7月 - 愛・地球博パートナーシップ事業イベント Hello! Project 2005 夏の歌謡ショー ―'05 セレクション!コレクション!― にMC としてまこと と共に出演。以降2年間は、コンサート・スポーツフェスティバル では司会としての参加となる。
- 8月 - 中澤・保田・美勇伝 と共に「題名のない音楽会21 」に歌手として出演。
- 11月23日 - Berryz工房 のシングル「ギャグ100回分愛してください」のC/W「にぎやかな冬」で、Berryz工房と共にCDでの復帰。
- 12月 - 「ふたりはプリキュアMax Heart2 雪空のともだち」にて矢口真里本人役で声優。
- 12月 - 「週刊プレイボーイ（集英社 ）」にて対談連載「でっかいあなたに会いに行くのだ!」開始（ - 2006年12月）。
- 12月31日 - 第56回NHK紅白歌合戦 に、モーニング娘。 新旧メンバー混成のスペシャル・ユニットで出場。
- 1月30日 - ドラマ「銭湯の娘!? 」（MBS・TBS系）で連ドラ初主演。
- 4月15日 - ドラマ「ギャルサー 」（日テレ系）に出演。
- 5月1日 ・5月8日 - 鶴瓶の家族に乾杯 （NHK）に出演（島根県仁摩町にて収録）。
- 10月23日 - エンターテイメント番組『感涙!時空タイムス 』（TVO ・テレビ東京系）放送開始（ - 2007年3月）。
- 1月5日 -Hello!Project 2007 Winter ～ エルダークラブ The Celebration ～ で「ウソつきあんた」・「未来の扉」の2曲に参加。
- 1月27日 -Hello! Project 2007 Winter ～集結!10th Anniversary～ で「人知れず 胸を奏でる 夜の秋」・「晴れ 雨のち スキ ♥」・「僕らが生きるMY ASIA」（現&元モーニング娘。）・「踊れ!モーニングカレー」・「ALL FOR ONE & ONE FOR ALL!」に参加。
- 7月26日 - 冠番組 「○○あい☆コラ!生やぐち 」（GyaO ）放送開始。丸山周 とともにメインMCを務める（ - 2008年6月）。
- 4月22日 にフジテレビ 系列で放送されたRun for money 逃走中 にて70分を逃げ切り126万円を獲得。さらに20分逃げ切れば200万円獲得、失敗したら0円になるボーナスステージで、正規ステージで逃げ切った5人中唯一逃げ切り、200万円を獲得。
- 11月14日 - アメーバブログ にてオフィシャルブログ「初心者です。」を開設。3日後にはブログランキング1位を記録した。
- 1月21日 - フジテレビ系「クイズ!ヘキサゴンII 」より4年ぶりとなるCDリリースが発表される。
- 3月25日 - 「青春 僕/青春 俺」が発売。
- 3月 - ハロー!プロジェクトを卒業。翌月より新ファンクラブ M-line club に所属。
- 11月 - 劇場版アニメ「ONE PIECE FILM STRONG WORLD 」連動スペシャル、ONE PIECE でヨーコ役としてゲスト声優。