ゴジラの死を描いた作品として公開された、平成VSシリーズの完結編。
1954年公開のシリーズ第1作『ゴジラ』へのオマージュ色が濃く、第1作でゴジラを倒したオキシジェン・デストロイヤーの存在をフィーチャーし、オキシジェン・デストロイヤーが生み出した怪獣であるデストロイアやオキシジェン・デストロイヤーの語り部として第1作のヒロインである山根恵美子が再登場し、回想シーンでも第1作の映像が使用されているほか、タイトルコールにも第1作のメインタイトルを引用するなどの演出が盛り込まれている。
この作品は1954年のシリーズ第1作から製作に携わっていた田中友幸の名前や「特技監督」がクレジットされる最後のゴジラ映画となっており、また、音楽担当の伊福部昭・特技監督の川北紘一・ゴジラのスーツアクターの薩摩剣八郎などもゴジラシリーズ最後の参加となった。
主要襲撃地点は、香港、東京（品川、天王洲アイル、羽田空港、有明）。平成VSシリーズでは初めて海外の都市にゴジラが上陸した。ゴジラシリーズでの品川駅周辺への怪獣襲来は、第1作『ゴジラ』以来であった。品川に隣接する天王洲は、当時バブル経済を背景にした再開発を経て、ウォータフロントのビジネス街として売出中の土地であった。羽田空港は、当時管制塔がリニューアルされたことから舞台に選ばれた。クライマックスの舞台となる有明・臨海副都心は、当時開催が予定されていた世界都市博覧会が中止となり空き地が多く、本作品の内容にも影響を及ぼした。また、ゴジラは愛媛県の伊方発電所に接近したが寸前で阻止され、四国上陸は果たされなかった。
体内で核エネルギーが暴走しているゴジラには通常兵器による攻撃は核爆発を誘発する危険性が高いため、前2作のGフォースに代わり、冷凍系の兵器で武装した自衛隊が活躍した。スーパーXシリーズの兵器が、『ゴジラvsビオランテ』以来6年ぶりに復活した作品でもある。デストロイアにとどめを刺したのはゴジラではなく、スーパーXIII率いる自衛隊の冷凍兵器部隊である。
エンディングのスタッフロールの背景は第1作、およびそれまでに製作された平成VSシリーズ作品の映像が使われているほか、音楽は有名なゴジラのメインテーマを筆頭に据えた伊福部昭による「SF交響ファンタジー」をアレンジしたものになっており、その曲中にはシリーズ最高の動員を記録した『キングコング対ゴジラ』の音楽も含まれる。