御朱印をいただいたことのある寺社を書いていきました。
(○種)とあるものは、複数の種類の御朱印をいただいた、という意味です。


2015.6.20 5箇寺、5社追加しました。
すっかり更新するのを忘れていました。
■京都府: 出雲大神宮、護王神社、清浄華院、晴明神社、東寺、梨木神社、廬山寺
■奈良県: 金峯山寺、吉水神社
■兵庫県: 神呪寺


■■京都府

【あ】
穴太寺 (亀岡市)
出雲大神宮 (元出雲) (亀岡市) New!!
一宮神社 (福知山市)
梅宮神社 (京都市右京区)
【か】
上賀茂神社 (京都市北区)
上醍醐寺 (京都市伏見区)…西国三十三箇所 第十一番札所
元慶寺 (京都市東山区)…西国三十三箇所 番外札所
観音寺 (京都市東山区)…西国三十三箇所 第十五番札所
貴船神社 (京都市左京区) 
清水寺 (京都市東山区)…西国三十三箇所 第十六番札所
銀閣寺(慈照寺) (京都市左京区)
金閣寺(鹿苑寺) (京都市北区)
鞍馬寺 (京都市左京区) 
車折神社 (京都市右京区)…芸能の神様で有名。
源光庵 (京都市北区)
光悦寺 (京都市北区)
皇大神社(元伊勢内宮) (福知山市)
革堂行願寺 (京都市中京区)…西国三十三箇所 第十九番札所
広隆寺 (京都市右京区)
護王神社 (京都市中京区) New!! …足腰を丈夫にする。
籠神社・真名井神社(元伊勢) (舞鶴市)…特に真名井神社は強いパワースポット。
【さ】
地主神社 (京都市東山区)
常照寺 (京都市北区)
随心院 (京都市山科区)小野小町ゆかりの寺
鈴虫寺(華厳寺)  (京都市右京区)…心願成就の寺
誓願寺 (京都市中京区)
清浄華院 2種 (京都市上京区) New!!
晴明神社 (京都市中京区) New!! …陰陽師・安倍晴明邸宅址。
泉涌寺 (京都市東山区)美人祈願の寺、日本唯一の御寺
泉涌寺楊貴妃観音堂 (京都市東山区)
【た】
大覚寺 (京都市右京区)
醍醐寺 (京都市伏見区)
大徳寺・大仙院 (京都市北区)
蛸薬師堂永福寺 (京都市中京区)
智恩寺(文殊堂) (舞鶴市)…学問にご利益。
頂法寺六角堂 (京都市中京区)…西国三十三箇所 第十八番札所
天龍寺 (京都市右京区)
東寺 3種 (京都市南区) New!!
東福寺 (京都市東山区)
豊受大神社(元伊勢外宮) (福知山市)
【な】
長岡天満宮 (長岡京市)
梨木神社 (京都市上京区) New!!
成相寺 (宮津市)…西国三十三箇所 第二十八番札所
錦天満宮 (京都市中京区)
【は】
伏見稲荷神社 (京都市伏見区)
法輪寺 (京都市右京区)
本能寺 (京都市中京区)
【ま】
松尾大社 (京都市右京区)
松尾寺 (舞鶴市)…西国三十三箇所 第二十九番札所
萬福寺(4種) (宇治市) 
三室戸寺 (宇治市)…西国三十三箇所 第十番札所
妙心寺 (京都市右京区)
【や】
八坂神社 (京都市東山区)
矢田寺 (京都市中京区)
安井金比羅宮 (京都市東山区)…縁切り、縁結びで有名
善峰寺 (京都市西京区) …西国三十三箇所 第二十番札所 
楊谷寺 (長岡京市)
【ら】
六波羅蜜寺 (京都市東山区)…西国三十三箇所 第十七番札所
蓮華王院 (京都市東山区)
廬山寺 4種 (京都市上京区) New!! …紫式部邸宅址
【わ】

■■奈良県
【あ】

飛鳥寺 (高市郡明日香村)…日本最古の寺。
石上神宮 (天理市)…日本最古の神社の一つ。
大神神社 (桜井市)…日本最古の神社の一つ。大物主を祀っており、あらゆる願い事に効果あり。
岡寺 (高市郡明日香村)…西国三十三箇所 第七番札所
【か】
春日大社 (奈良市)
金峯山寺 3種 (吉野郡吉野町) New!!
久延彦神社 (桜井市) …学問の神様。
興福寺 (奈良市)
興福寺南円堂 (奈良市)…西国三十三箇所 第九番札所
興福寺北円堂 (奈良市)
【さ】
狭井神社 (桜井市) …三輪山登山口、御神水あり。
【た】
当麻寺(葛城市)
当麻寺中之坊(3種・葛城市) …中将姫剃髪の寺
朝護孫子寺(3種) (平群町)
転法輪寺 (御所市)  …金剛山
【な】
【は】
長谷寺 (桜井市)…西国三十三箇所 第八番札所
一言主神社 (御所市)  …金剛山
檜原神社(元伊勢) (桜井市)
宝山寺 (生駒市)
法起院…西国三十三箇所 番外札所
【ま】
南法華寺(壷阪寺) (高市郡高取町) …西国三十三箇所 第六番札所
夫婦大国社 福の神めぐり(12社) (奈良市) …春日大社若宮15社めぐり
【や】
吉水神社 (吉野郡吉野町) New!!
【ら】
龍泉寺 (吉野郡天川村)
【わ】

■■大阪府
【あ】

生國魂神社 (大阪市天王寺区)
茨木神社 (茨木市)
叡福寺 (大阪府太子町)
大阪天満宮 (大阪市北区) …学問の神様。
お初天神 (大阪市北区) …縁結びで有名。
【か】
勝尾寺(2種) (箕面市)…西国三十三箇所 第二十三番札所、勝負事にご利益。
辛國神社 (藤井寺市)
【さ】
四天王寺 (大阪市中央区)…聖徳太子建立。
勝曼院愛染堂 (大阪市中央区)…縁結びで有名。
住吉大社 (大阪市住吉区)…心願成就で有名
施福寺 (和泉市)…西国三十三箇所 第四番札所
総持寺 (茨木市)…西国三十三箇所 第二十二番札所
【た】
多治速比売神社 (大阪府堺市) New!!
道明寺 (藤井寺市)
道明寺天満宮 (藤井寺市)…学問の神様。
【な】
【は】
葛井寺 (藤井寺市)…西国三十三箇所 第五番札所
豊国神社 (大阪市中央区) …出世祈願。豊臣秀吉を祀っている。
【ま】
水間寺 (貝塚市)
【や】
【ら】
瀧安寺 (箕面市)
【わ】

■■兵庫県・滋賀県・和歌山県

【あ】
阿弥陀堂<比叡山> (滋賀県大津市)
生田神社 (神戸市中央区)…縁結びで有名。
一乗寺 (兵庫県加西市) …西国三十三箇所 第二十六番札所
石山寺 (滋賀県大津市)…西国三十三箇所 第十三番札所
伊吹山寺 (滋賀県米原市) 
岩間寺 (滋賀県大津市)
岩間山正法寺 …西国三十三箇所 第十二番札所
圓教寺(2種) (兵庫県姫路市)…西国三十三箇所 第二十七番札所
圓教寺食堂 (兵庫県姫路市)
圓教寺根本堂 (兵庫県姫路市)
【か】
柿本神社 (兵庫県明石市)
花山院菩提寺 (兵庫県三田市)…西国三十三箇所 番外札所
苅萱堂<高野山> (和歌山県高野町)
神呪寺 (兵庫県西宮市) New!!
観音正寺 (滋賀県安土町)…西国三十三箇所 第三十二番札所
紀州東照宮 (和歌山市)…徳川御三家・紀州藩による東照宮
紀三井寺 (和歌山市) …西国三十三箇所 第二番札所
清水寺 (兵庫県社町) …西国三十三箇所 第二十五番札所
熊野那智大社 (和歌山県那智勝浦町)
粉河寺 (和歌山県粉河町) …西国三十三箇所 第三番札所
金剛三昧院<高野山> (和歌山県高野町)
金剛峰寺<高野山> (和歌山県高野町)…真言宗総本山。
金剛峰寺奥の院<高野山> (和歌山県高野町)
金堂<高野山> (和歌山県高野町)
根本大塔<高野山> (和歌山県高野町)
根本中塔<比叡山> (滋賀県大津市)
【さ】
青岸渡寺 (和歌山県那智勝浦町)…西国三十三箇所 第一番札所
【た】
大師教会<高野山> (和歌山県高野町)
大講堂<比叡山> (滋賀県大津市)…天台宗総本山。
長命寺 (滋賀県近江八幡市)…西国三十三箇所 第三十一番札所
【な】
中山寺 (兵庫県宝塚市)…西国三十三箇所 第二十四番札所
長等神社 (滋賀県大津市)
西宮神社 (兵庫県西宮市)西宮えびす。福男で有名。
女人堂<高野山> (和歌山県高野町)
根来寺 (和歌山県岩出市)
【は】
東塔<比叡山> (滋賀県大津市)
飛瀧神社 (和歌山県那智勝浦町)
補陀洛山寺 (和歌山県那智勝浦町) …西国三十三箇所番外札所
宝厳寺 (滋賀県竹生島)…西国三十三箇所 第三十番札所
【ま】
萬拝堂<比叡山> (滋賀県大津市)
三井寺(2種) (滋賀県大津市)…西国三十三箇所 第十四番札所
三井寺釈迦堂 (滋賀県大津市)
三井別所水観寺 (滋賀県大津市)
文殊楼<比叡山> (滋賀県大津市)
【や】
【ら】
【わ】