JR琴似駅は1880年、北海道に鉄道が開業した時に開業した駅の一つである。1988年に高架化され、2000年には快速停車、2002年にはリニューアル改造されている。

JR琴似駅

琴似駅に快速が停車するようになった2000年3月11日改正では宗谷線に特急スーパー宗谷(現宗谷)、特急サロベツ・利尻(キハ183系500番台での運行)が開始されるなどのうごきがあった。

旧急行宗谷などで使用されていたキハ400は学園都市線向けのロングシートのキハ40-330番台などに再改造され、2012年の同線電化開業まで使用された。