私の様なオールドユーザーや、iPhone Touchのユーザーは、是非格納したいのではないでしょうか。
以前ご紹介したStanzaで格納するのがおすすめですが、横書きだし、ルビはふれません。なんか、文庫っぽくないですよね。
そこで、縦書き+ルビふりのpdfをiPhoneに格納するのが一番見栄えはよく出来ます。
私はMacユーザーなので、Macについて書きますが、基本は一緒です。多分、Winの方がPDF化は遥かに楽だと思います。
この場合、無料にこだわる私の選択は、
Air Sharing+BlueSkyReader
です。

Air Sharin
Air Sharingは既に有名になっている無料(今の所。もうすぐ有料になっちゃうから、今のうち、とりあえずダウンロードしておこう!)のiPhone転送アプリです。要は、WifiでiPhoneをサーバーにしちゃうというもので、とても使い心地が良く、重いファイルでも落ちずに閲覧する事が出来ます。使い方は既に色々なサイトに死ぬ程書いてありますので、探してみてください。簡単に使えますよ。(でも、オフィスなどのセキュリティーが厳しい所では無理かも。)

BlueSkyReader
公式HP
BlueSkyReaderは、Macのテキストビューアーで、奇麗な縦書きの形でテキストを読む事が出来ます。このソフト、PDF作成機能があり、中々奇麗な縦書きPDFを作ってくれます。青空文庫ルビに対応してます。
方法は簡単。
BlueSkyReaderでPDF化したテキストをAir Sharingで転送する。
見た目はこんな感じ。

でも、Air Sharingって良く出来てるけど、専門ビューアーではありません。
しおりは無いし、移動は面倒だしで、見栄えはいいけど操作は煩雑です。
やっぱりStanzaがいいかな。