最近、質問があったので調べました。

結論からいうと、加入できます。
というか、宗教法人は有限会社や株式会社と同じ、「法人」に該当するので
強制加入になります。

お寺でいうなら、宗教法人であれば住職が一人だけであっても
社会保険(健康保険・厚生年金)には加入しなければならないということになります。