たまにはまじめな話題（？）を…。
今日は普段お世話になっている薬学部研究室の忘年会でした。
タンパク質のフォールディグを古典MDで再現しようっていういま超流行の研究をやっている研究室です。(ほかにもいろいろやってます。計算機を使わなくてもNMRでヘムタンパクの構造見たり、ヘム自体をいろんな仕掛けをして形を変えることで機能を変化させたり…。詳しくは分かりません。けどいろいろやってる研究室です。)
その研究室の人たちといろいろお話させていただきました。
そんで前から思ってて、
ずいぶん大きく出て申し訳ないんですが、
フォールディングを古典MDで記述しようって言うのが前から気に入らなかったんだよね。
だって普通のタンパク質は、
合成の過程で核酸のコドンを読んで、
アミノ酸がちょっとづつ一次元鎖を作っていって、
その過程で一次元鎖になった部分からどんどん fold していくはずでしょ？
そしたら最終的にできるタンパクの folding 状態を記述するには、
１残基から少しづつペプチド重合をしていったポリペプチドを考えていかなくてはいけないはずでは…？
でも CASP とかで主役になっている手法は、
とりあえずアミノ酸配列はもう決定してるポリペプチドを直線構造からMDをして folding 構造を探そうって方法なんだよね。
まあいいんだけど、
その方法でねらったタンパクの構造をうまく予言できたからって、
それがなんなの？？？？？？？？？
たまたまじゃないの？？？？？
そこに物理はあるの？？？？？？？
そもそも古典的動力学計算で何でも分かるって雰囲気いいの？？？？？？？？
って前から思ってたんだよね。
だけどお世話になっている研究室に真正面から切り込む勇気がなかったのね。
あぁなんて弱いんだろうぼく…。
でも今日そこの研究室の同級生K桐君といろいろ話して、
酒の席ではあるけれど、
ぼくの疑問は直接研究に携わっている人たちにも共通の疑問であることが分かってよかった。
まあ直接の解決にはならないんだけど、
次からは自信を持って切り込んで行こうと思った。
もちろん現時点では、
MDが最良の方法なのかもしれないし、
「いまのところうまく行ってるんだからいいじゃん。」
って言われると正直量子計算の限界を考えると何もいえないんだけど、
でもやっぱり問題意識は持たねばならんかなぁ。
と思った一日でした。
久しぶりに難しいこと考えたのでとっても疲れました。