話としてはおもしろくないが、マジョーラに立ち向かう姿がかっこよく、メカの出来が良い。
主な登場キャラ
ばいきんまん
ドキンちゃん
かびるんるん
バイキンUFO
バイキン島
ヤシガニメカ3号
ぺろりだだんだん1号
しらドキ姫
あらすじ
いきなりバイキン島からのバイキン城が映る！そこからズームアップしてドキンちゃんのお部屋へ。ホラーマンはドキンちゃんに、白雪姫の同人誌みたいな「呪われた絵本」を献上する。それはばいきんまんがばいきん仙人から預かり、開けてはいけないと言われたものだった。
ばいきんまんはヤシガニメカ3号で学生たちを襲い、アンパンに飛ばされた。その後ドキンちゃんがりんごを食べたがったため、グレーのゴロンゴロの体にだだんだん2ごうの頭がついたような『ぺろりだだんだん1号』でりんごを運ぶSLマンを襲う。りんごぼうやに、ぺろりだだんだん1号の舌にりんごの木を上を植えられてしまい、ソフトなアンパンチをされ、ソフトばいばいきんでバイキン城に飛ばされた。バイキン城ではドキンちゃんがドレスを着て『しらドキ姫』ごっこをしていた。
ばいきんまんとドキンちゃんはモニターで粉を監視していると、りんごぼうやのふるさとのアップルランドには世界一大きなりんごを実らせる魔法の種が存在することを知り、欲しくなった。
ばいきんまんは格納庫でぺろりだだんだん2号を開発し、りんご村を襲う。ぺろりだだんだん2号はジャイアントだだんだんとゴロンゴロが合体した感じで、めちゃくちゃかわいい。すでにストローこうもり（どこから現れたか、誰の手下かなど謎）とマジョーラ（呪われた絵本から出てきた魔女）がりんご村のりんごを毒りんごに変えようとしていた。ばいきんまん達はぺろりだだんだん2号も含めてみんなマジョーラの攻撃で毒りんごにされていた。しかしおいしいりんごが食べたいばいきんまんはりんご型になりながらも「このままやられる俺様じゃないぞー！」「俺様は絶対に負けないぞー！」とマジョーラに立ち向かう。いい感じに追い詰めたが、あと一歩のところで負けてりんごの姿のまま飛ばされてしまった。そのときに呪いの絵本を落として行き、いつもの都合の良い展開で粉がマジョーラとストローこうもりを呪いの絵本に再度封印した感じになった。
いつものかわいい姿に戻ったばいきんまんは、バイキン城の舌の部分にりんごの木を植えて育てているところで終わる。