「融合」
初出は「遊戯VS羽蛾」戦。遊戯が攻撃の要となる「暗黒騎士ガイア」を、「グレート・モス」による飛行能力を持たないモンスターへの全体攻撃から回避させる為、「カース・オブ・ドラゴン」と合体させ「竜騎士ガイア」にした。テキストはなく、遊戯は「『融合』のカードには二体のしもべを合体させる力が秘められている」と発言している。
原作で「融合」により合体したのは「竜騎士ガイア」「ミノケンタウロス」「ウォール・シャドウ」「ブラック・デーモンズ・ドラゴン」「青眼の究極竜」「青眼の究極竜+マンモスの墓場」「サウザンド・アイズ・サクリファイス」「ヒューマノイド・ドレイク」「ドラゴンに乗るワイバーン」「超魔導剣士ブラック・パラディン」「神・スライム+リバイバルスライム」が登場した。
原作の描写だと、旧決闘盤では「融合」及び元となったモンスターは場に残り続け、次世代型では元となったモンスターのみ場に残り続ける（「融合」は墓地へ送られる？）。旧決闘盤ではメイン・カードのモンスターを「融合」でサブ・モンスターと合体させパワーアップさせるコンボの一種であると考えられる。いずれもフィールドのモンスター同士しか融合できない。
「青眼の究極竜+マンモスの墓場」においては「光」属性モンスターと「闇」属性モンスターが融合したことで「属性反発作用」により弱体化する現象が起きている。このことから融合には属性が大きく関わっていることが分かる。
「融合解除」に対応したことから「マグネット・バルキリオン」、自身の効果でプレイヤーと融合した「ラーの翼神竜」もテキストの示す「融合モンスター」だと分かる。
遊戯は「ヒューマノイド・スライム」を融合系モンスター（文脈から察するに融合召喚に使用することが予測できる特性を持つ）と呼び、スーパーエキスパートルールでは「生贄召喚」より「融合召喚」の方がターンを費やさずに攻撃力の高いモンスターを場に出せると評価している。
スーパーエキスパートルールでは「融合したモンスターは次のターンにならないと攻撃できない」というルールがあり、作中では「特殊召喚されたそのターンに攻撃できる」能力を「速攻」能力と呼ばれている。「融合したモンスターがそのターン攻撃できるようになる」効果を持つ「速攻」を考えると、「融合したモンスター及び特殊召喚されたモンスターはそのターンに攻撃できない」ルールだと考えていいだろう。特殊融合モンスターの「マグネット・バルキリオン」と「ドラゴンに乗るワイバーン」は融合したそのターンに攻撃している。
「儀式」
原作では２パターン存在する。
A：「カオスの儀式」「カオス－黒魔術の儀式」：発動時に攻撃力１５００以下のモンスター２体を生け贄に、特定のモンスターにカオスの力を宿らせる。
B：「イリュージョンの儀式」「仮面魔獣の儀式」：特定のモンスター２体を生け贄に特定のモンスターを召喚する。
A儀式は場に生贄用モンスター２体＆カオスの力を宿らせるモンスター１体＆儀式魔法の計４枚を揃えて儀式モンスター１体を召喚する為、カード消費が激しい。一応は余りの強さに製造中止になった「青眼の白龍」と同等の攻撃力を持つ「カオス・ソルジャー」を呼び出せるため、攻撃力が重要な王国編ルールでは強力だったと言える。
B儀式は２体のモンスターを融合させる場合とカード消費は変わらず、「仮面魔獣の儀式」により召喚される「仮面魔獣マスクドヘルレイザー」はA儀式モンスターである「カオス・ソルジャー」より攻撃力・カード消費面で優れていると言わざるを得ない。
また融合のように「儀式召喚したターンには攻撃できない」というようなルールもないようだ。
作中では「聖獣セルケト」も「王家の神殿」の聖櫃にカードが封印され、「王家の神殿」「セルケトの紋章」「封魂の聖杯」の３枚が存在する場合にデッキ外から召喚されるモンスターであり、リシドはこれを「儀式」と呼んでいる。
その他
「進化」
「ラーバモス」+「進化の繭」
遊戯ｖｓ羽蛾で羽蛾が使用。このコンボによって「究極完全態・グレート・モス」への進化を狙った。５ターン必要だが途中で「繭」が破壊されてもその時点での形態で召喚される為そこまで悪くはない、ちなみに本来は幼虫が段階を経て成虫になることは「変態」というのだが、原作では概ね「進化」と表現されている、おそらくポケモンやデジモンの影響。羽蛾は「変態を重ねる」と言っている。
「分身」
「ハーピィ・レディ」+「万華鏡－華麗なる分身－」
城之内ｖｓ孔雀舞で孔雀舞が使用。対象の「ハーピィ・レディ」のコピー２体が場に現れ「ハーピィ・レディ三姉妹」となり、３体で１体として合体攻撃も可能。決闘都市編でも使用され、その際には上級モンスター召喚の生贄にも使用できた。ただし使用したターンには攻撃できないデメリットがある（「三姉妹はそのターン攻撃できない」のか「使用したプレイヤーはそのターンモンスターで攻撃できない」のかは不明）。ちなみに「ハーピィ・レディ」+「サイバー・ボンテージ」+「電撃鞭」（ATK２１００）が分身した三姉妹のよる合体攻撃力は２７００だった。
「成長」
「ベビー・ドラゴン」+「時の魔術師」
城之内ｖｓ孔雀舞で城之内が使用。「時の魔術師」の「タイムマジック」にて「ベビー・ドラゴン」の時間を１００年経過させ「千年竜」へと成長させた。
「合体」
「雷魔神－サンガ」「風魔神－フーガ」「水魔神－フーガ」→「ゲートガーディアン」
「磁石の戦士α」「磁石の戦士β」「磁石の戦士γ」
「X－ヘッド・キャノン」「Y－ドラゴン・ヘッド」「Z－メタル・キャタピラー」
「機動砦ストロング・ホールド」「グリーン・ガジェット」「レッド・ガジェット」「イエロー・ガジェット」
「LVモンスター」
「サイレント・ソードマンLV０」
「サイレント・マジシャン（LV０）」
特殊召喚モンスター
「ダーク・ネクロフィア」
「特殊召喚されるモンスター」ではなく、「特殊な召喚方法(条件)を持つモンスター」という意味。「墓地のモンスター３体を生贄に召喚されるモンスター」、厳密には「ゲーム開始から自分のターンで５ターン以内に、自分フィールドから表側攻撃表示モンスターが３体墓地へ送られた場合に手札から召喚できる」というものだった。