スキャンスナップは、書籍など、何度かに分けて取り込む書類を一つのファイルとしてまとめて認識する仕組みがあります。
ツイッターのフォロワーさんとお話しした内容を、参考まで記します。（管理人はＳ1500を使っています）
スキャンスナップオーガナイザー
⇨左上のアプリケーションボタン
⇨スキャンスナップの設定⇨
（上段のクイックメニューのチェックを外す）
⇨読み取りモードタブをクリック
⇨一番下の継続読取有効 の四角をチェック
以上の設定でスキャンすると、スキャンしおわった時に、
「次を読み込むファイルが同じ文章の続きかどうか」聞いてきますので、
続きなら「継続読取」
別の書類なら「読み取り終了」します。
書籍の自炊をする事が多いなら、「継続読みとりを有効」にしておくと便利です。