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必ず一緒に申告する必要がないとおっしゃっている方がいました。
売却益だけ申告、もしくは配当金だけ申告することはできるそうです。
以下の①～④でどれを確定申告するかは自分で選べるのかなと思っていましたが違うのでしょうか？
総合口座(特定預り 課税)
①売却益
②配当
ジュニアNISA(特定預り 課税)
③売却益
④配当
特定口座内の譲渡損益・配当金の申告のルール
株式等を特定口座の源泉徴収ありで運用している場合、特定口座ごとに確定申告するorしないを選択することができます。
A特定口座
①譲渡益
②配当益
B特定口座
①譲渡損
②配当益
（口座内で損益通算済みでも譲渡損となる）
C特定口座
①譲渡益
②配当益
とあった場合、
申告分離課税で申告 A+B、B+C、A+B+C と３パターン選択肢があります。
課税方式の選択は特定口座ごどにできるので
分離A+B で総合C（配当控除）
分離B+C で総合A（配当控除）
とすることもできます。
（特別口座ごとに確定申告するorしないを選択し、課税方式も選択する）
また、A口座とC口座を申告分離課税で申告するときは、譲渡益又は配当益どちらか一方だけを申告することもできるようです。
同じ特定口座内の所得を分離課税と総合課税にバラバラに申告することはできません。
譲渡損がある特定口座内の所得は口座内で損益通算がすでにされているため、譲渡損と配当益の両方を分離課税で確定申告しなければいけません。
○ 源泉徴収口座内の上場株式等の譲渡による所得とその源泉徴収口座に受け入れた上場株式等の配当等に係る利子所得及び配当 所得については、どちらか一方のみを申告することができます。ただし、源泉徴収口座内の上場株式等を譲渡したことにより生じ た譲渡損失の金額を申告する場合には、その源泉徴収口座に受け入れた上場株式等の配当等に係る利子所得及び配当所得も併せ て申告しなければなりません。
一度確定申告すると課税方式の変更は後から変更することはできないので株の特定口座の申告は慎重に検討します。
更正の請求や修正申告では源泉徴収されていた株の確定申告について訂正することができません。
○ 源泉徴収口座内の上場株式等の譲渡による所得又は上場株式等の配当等に係る利子所得及び配当所得を申告した後に、これら の所得を申告しないこととする変更はできません。また、源泉徴収口座内の上場株式等の譲渡による所得の金額又は上場株式等の 配当等に係る利子所得及び配当所得の金額を含めないで申告した後に、これらの所得の金額を含めて申告することとする変更も できません。
特定口座については口座内で源泉徴収が完結し、本来確定申告しないための制度なので、あえて確定申告するときは複雑なルールに従わなければいけません。
私は一人一口座で特定口座内で税金の支払いも還付も完結させるのがいいと思います。
損益通算のためにせっかくの申告不要制度を使えないのはデメリットが高いと感じてしまいます
ジュニアNISAの場合は引き出し制限があるため課税口座が別になってしまうのは悩ましいですね。
確定申告はご自身の状況に合わせてシミュレーションや比較検討して自己責任で行ってくださいね