ハリーはホグワーズ学校が休みに入りダーズリー家に戻っていた
相変わらずの扱いを受けながら外でダーズリーの息子から嫌がらせを受ける
いきなり嵐が起きてハリーとダーズリーがトンネルに逃げ込むとディメンターがダーズリーを襲う
ハリーは助けるために守護の魔法を使い助ける
ダーズリー家に魔法省からハリーの退学通知が届く
未成年は、マグルの世界で魔法の使用が禁止されているからだった
夜ムーディ先生と協力者たちがハリーを連れにくる
ホウキで飛び立ちついたのは、魔法で隠されているブラック帝だった
そこにはロン、ハーマイオニーやウィズリー家の皆んなとシリウス・ブラック、リーマス・ルーピンがいた
ブラック帝は、ヴォルデモートと戦うために結成した不死鳥の騎士団の隠れ家だった
ハリーの父と母も仲間だった
シリウスは、ヴォルデモートは仲間を集めて何かを探していると言う
新聞ではハリーしか見ていないヴォルデモートの復活を「嘘をついた男の子」と掲載されていた
ハリーはロンの父アーサーと魔法省へ尋問を受けに行く
コーネリウス・ファッジ大臣に対して理由を話すハリー。
そこへダンブルドアがきて助けてくれる
そして退学は却下される
ダンブルドアは、魔法省がヴォルデモートの復活を見たと言うハリーを信用できず恐怖からディメンターを差し向けたのではないか？と意見する
シリウスはハリーをホグワーズへ見送りする時、両親の映る騎士団メンバーの写真を渡される
ホグワーズに向かう途中、変わり者の新入生のルーナ・ラブグットと出会う
ルーナはハリーと同じように死んだ物が見えた
ルーナは「死を見たから」と話す
新学期 学校へ行くとハリーは生徒から嘘つき呼ばれされる
ハグリットは不在と伝えられる
新任の教師として魔法省から防衛術を教えるドローレス・アンブリッジ先生が送り込まれる
アンブリッジ先生は防衛術を実戦では教えずテキストを渡す
授業中ハリーがヴォルデモートの話をすると部屋に呼び出される
反省としてインクの出ないペンで「嘘はつかない」と何度も書かされる
そのペンの字はハリーの手に刻み込まれた
森でひとり靴を探すルーナに声をかける
ルーナはヴォルデモートの復活を信じていた
そしてハリーを孤独にさせたいんだと助言する
ハリーは、ロンとハーマイオニーの元へ行く
アンブリッジは魔法省の名を武器にマクゴナガル先生にも意見をするようになる
新聞も書き立ててアンブリッジの地位は上がって行き
学校の規則も増やして行く
そして遂に占い学のトレローニ先生を解雇する
それを見たダンブルドアはトレローニを学校に戻して「解雇にしても学校を追い出せない」と言う
街では行方不明者が続々に出ていた
しかし魔法省はシリウス・ブラックの仕業と言う
シリウスは、ハリーにヴォルデモートが動き出していると警告する
ハーマイオニーは自分たちで防衛術を特訓するしかないと実践経験のあるハリーに先生になってもらい学びたい生徒を集める
数人の集まった生徒たちはヴォルデモートの復活は半信半疑だったがハリーの防衛術は信用した
そしてダンブルドア軍団として署名する
練習場所を探していた時、偶然ネビルが秘密の部屋を見つける
ホグワーズが戦えと言ってると感じた
何かを隠してると感じ取ったアンブリッジはフィルチを使い見張らせる
フィルチは壁に入るのをみるがフィルチが行くと消えてしまう
ハリーたちは日々練習をする中でチョウ・チャンと恋仲になる
アンブリッジは色んな手を打ってくる
生徒にも尋問官親衛隊を結成させて扉を開けさせようとする
ハリーの仲間以外は開けなかった
ハリーは夢を見る
自身が蛇で魔法省の扉を開き、そこにいたロン父アーサーを傷つけた
ハリーは急いでダンブルドアに知らせる
ダンブルドアはアーサーを助けに向かわせて
スネイプに「すぐ始めよ。皆が危険だ」と言う
スネイプはハリーを部屋へ連れて行き「閉心術」の特訓をすると言う
ハリーの心はヴォルデモートと繋がっているからだった
クリスマスにハリーたちはブラック帝に戻る
ブラック帝には屋敷しもべクリーチャーがいた
シリウスは落ち込んでいたハリーを励ます
新学期ホグワーズ学校に行くとハグリットが戻ってきた
ハグリットを訪ねに行くとアンブリッジがハグリットを追い出そうとしていた
アンブリッジが部屋を出て行きハグリットに話を聞くと、ダンブルドアの使いで巨人に助けを求めに行ったと言う
しかしそこにはデスイーターも来ていたと言う
アスカバン牢獄が破壊されて囚人たちが脱獄した
魔法省は、シリウス・ブラックが裏で操っていると言う
いつものように魔法の練習をしていると壁を壊す音が聞こえる
アンブリッジが扉をあけた
そこにはチョウ・チャンがいた
アンブリッジはダンブルドア軍団と記載を見てファッジ大臣にダンブルドアを牢獄するように頼む
ハリーは「関係ない」と言うがダンブルドアは、「わしの軍団だ」と言い捕まる前に姿を消す
そしてアンブリッジが校長になる
規則規則になり皆ストレスが溜まる
ハリーとチャンの関係も終わる
ハグリットはハリーたちを森へ連れて行き連れてきた巨人グロウビーと友達になって欲しいと頼む
ハグリットは自分もそのうち捕まると確信していた
グロービーはハーマイオニーに懐いた
森ではケンタウロスたちが魔法省に居場所を狭くされて怒りを燃やしていた
スネイプとの訓練の中で反抗したハリーはスネイプの心に入る
ハリー父にいじめられている学生のスネイプだった
スネイプは怒り訓練を辞める
双子のジョージとフレッドは下級生がアンブリッジから体罰を受けたのを慰める
そして「俺たちの未来は学校の外だ」と言う
アンブリッジの監督のもとで試験が行われる
外から物音がしてアンブリッジが扉を開くと
ジョージとフレッドが飛んできて花火を打ち上げる
生徒たちは盛り上がり喜ぶ
ハリーも楽しんでいたが、魔法省でシリウスがヴォルデモートに捕まっているのを見る
ハリーたちははシリウスを助けに行く
学校から抜け出すために監視のないアンブリッジの部屋に行くが、アンブリッジに見つかってしまう
スネイプに真実薬を渡すように言うが、チョウ・チャンに使ったのが最後ですと答える
ハリーは、シリウスのあだ名で「パットフットが捕まった」と伝える
スネイプはアンブリッジの手前とぼける
アンブリッジはハリーの企みを知るために禁断の魔法を使おうとする
ハーマイオニーはダンブルドアの武器の隠し場所を秘密にしていたと言う
アンブリッジと森へ行き歩いていたが、途中で騙されたと気がつく
しかし森にはケンタウロスが怒りの眼差しでアンブリッジを睨んでいた
アンブリッジは痛めつけようとするが、巨人のグロウビーが持ち上げるケンタウロスに渡す
ハリーはひとりで魔法省に行こうとするとロン、ハーマイオニー、ルーナ、ネビル、ジニーも協力してくれる
魔法省につき夢で見た扉を開ける
そこには無数の水晶があった
その中でハリーの名前がついた水晶を見つける
「闇の帝王にない力を持つものが現れる。一方が生きるk切り一方は生きれない」
そこへルシウス、ベラトリックス含めたデスイーターが現れる
そして水晶を予言といい「渡せ」と襲ってくる
追い詰められた先にはアーチのベールがあった
防衛術で逃げるが友人が皆捕まってしまう
ハリーは予言をルシウスに渡す
そこへルシウス含む不死鳥の騎士団が助けに来る
その拍子に予言が割れる
騎士団とデスイーターは戦い、優勢だったがシリウスがバラトリックスに死の呪文をかけられてベールに消えて行く
ハリーは悲しみ怒りベラトリックスを追いかける
ハリーは禁断の呪文を使おうとする
そこへ「やれ」とヴォルデモートが現れる
ハリーは我に帰り杖を手放す
そこへダンブルドアが現れヴォルデモートと戦う
ヴォルデモートはハリーの心に入り込む
ハリーが心から追い出そうとしている時、友人の姿を見つける
そしてヴォルデモートを追い出した
魔法省ではファッジ大臣含め何十人もがヴォルデモートの姿を目撃したことにより新聞でも「あの人が復活」と周知された
ホグワーズではダンブルドアが校長に戻り平穏を取り戻しアンブリッジは魔法省に戻った
ハリーは仲間と、「ヴォルデモートにはないものは守るべき物だ」と言った