土地の申込みをして、本審査が必要になり、そのためには工務店との工事請負契約を結ばないといけません。
それらの契約書が、銀行の本審査を行うための前提となるからです。

そして、土地の売買契約を締結したそのあとすぐに、工務店との工事請負契約も締結しました!

この請負契約も、内容の確認を行いましたが、厳密には、プランは確定していませんでしたので、金額は変わる前提での締結となりました。あくまでも見積書ですし。
これがよいとはいいませんが、プラン、内装、外装、外構、設備等々が確定し契約書と見積書から全く変更が無いというところまで詰めた上での契約書締結は現実的ではないことから、皆さんもこのような感じなんだろうなーと思います。

契約書の締結時支払ったのは費用は無く、契約の意思を示した申込金の1万円のみ。

現時点で、手元から支払った費用は
土地売買契約の手付金 100万円
請負契約の申込金 1万円
それぞれの契約書に貼り付ける印紙代 1万5000円×2
でしょうか。

銀行のローン、特につなぎ融資がどのようなものになるのか、つなぎ融資実行期間の月々の支払いはどの程度になるのか、不安要素はまだまだありますが、お金の話は大切ですからね。しっかりと現実と向き合いたいと思います。