ゲルノイドに取り込まれたアイ吉＝ＷｏＯ。ゲルノイドはゲル状になって姿を消す。
駆け寄ろうとするアイを制止する山南。疲れのせいか気を失うアイ。アイはそこで、シオンＷｏＯの夢を見る。
一方、アイの母親、清美は自宅でアイを心配する。怪獣がいつ出現するかわからない状態、秋田は避難を清美に勧めるが、清美はアイを信じ、自宅で待つことに。自分が仕事を理由にアイを避けていたことを責めて・・・秋田には逃げるように言う清美。しかし、秋田も残る事を決意する。
防衛隊の治療室では、山南がまどかとの写真を見ていた。そんな中、アイが目を覚ます。
永倉の行方は防衛隊が追っていることを告げる。そして、大人の傲慢でこんな目にあわせたことを詫びる山南。しかし、アイは自分で決めたことだから、そんなことで謝らないでほしいという。そして、アイはＷｏＯは生きている、まどかも生きていると言う。
山南チームはアイの発言をどう捉えるか議論となる。そんな中、最初にＷｏＯとアイを調べた時の心拍数のシンクロに気が付く。確認するとＷｏＯの鼓動があった。ＷｏＯはまだ生きている！
アイは治療室を抜け出し、ＷｏＯの鼓動にシンクロしているアイは苦しむ。
永倉＝ゲルノイドはＷｏＯを取り込んだものの、まだ支配しきれていなかった。苦しむゲルノイドが姿を現す。
各隊員に命令を出した山南の所へ、権田大尉が、アイが一人でゲルノイドに向かったことを告げる。
山南はアイ一人では無理だと制止するが、ゲルノイドの攻撃の突風で吹き飛ばされた際、アイは駆け出す。ＷｏＯとの思い出を思い浮かべながら・・・
しかし、ＷｏＯと同じようにゲルノイドに取り込まれるアイ。
ゲルノイドの中、アイは永倉の攻撃を受ける。
防衛隊では、アイの鼓動が消えるのを確認する。
ゲルノイドの中で高々に勝利宣言する永倉。しかし、アイの涙がアイを蘇生させる。そしてアイの体から光が発し、アイとＷｏＯの光が合わさり、鼓動がシンクロする。
永倉の前で流れる歌。これは権田も聞いていた歌だった。これはＷｏＯ達のコミニュケーションだった。ＷｏＯは仲間を呼んでいるのだ。
この歌の前に動揺する永倉。アイは言い放つ。
「私達は二人でひとつなの！独りぼっちのあんたなんかに・・・ＷｏＯの本当の力はわからない！」
苦しむ永倉。そして光に包まれるアイとＷｏＯ。
ゲルノイドの中からアイ吉が復活。アイ吉の中にアイが入っていた。
最後の戦いが始まる。アイの指示通りに動くアイ吉。
それを見つめる防衛隊隊員達。そして、清美と秋田。
それにしても、最終話まで、コミカルな戦いを続けるアイ吉。
ゲルノイドの攻撃を受けたアイ吉。アイの意志で空に飛び上がり、回転しながらゲルノイドに体当たりするアイ吉。
それを受けたゲルノイドは爆発した。
アイ吉はアイを外に出す。
目を覚ますアイ。
ゲルノイドの破片がアイ吉に近づく、アイ吉が触れると紫色から透明に変わる。そして、次々とゲルノイドの破片がアイ吉に集まってくる。
アイの元に防衛隊達が集まる。
ＷｏＯが本来の生物彗星の姿に変わっていく。
権田はアイに地球を救ったと言う。アイはＷｏＯを助けただけだと答える。しかし、救ったのはＷｏＯだけではなく、今まで怪獣に取り込まれた人々が生きて戻ってきたのだ。
アイの元に清美が、源さんが、そしてＷｏＯが来た。
ＷｏＯはお別れを言いに来たのだ。
アイは誓った。
「ＷｏＯ・・・いつか必ず帰ってきて。お前が帰ってくる時は、もっと地球を素敵な星にしとくから。みんなでお前を迎えられる星にしとくから・・・」
その言葉に、ＷｏＯはキスという人間のコミニュケーションで答えた。
そして、生物彗星は空高く舞いあがって行った。
「さよならＷｏＯ。ありがとう・・・」
（これが、その夏私とＷｏＯの身に起こった全て。）
エピローグ
サッカーをしているアイ。
（そして私は普通の１４才に戻った。でも私は信じてる。ＷｏＯはきっと帰ってくる。ＷｏＯと私達が、もっと、もっと、わかりあえるようになったらきっと・・・）
シュートをするアイ。ボールがＷｏＯになりアイの元へ。アイが手を差し伸べるとＷｏＯはゴールに向かって一直線。ボールに戻る。アイが見た幻影か？
みんなにゴールを誉められるアイ。
「アイ！イエーイ！」小太郎が叫ぶ。
「イエーイ！」アイも飛び跳ねて喜ぶ。
完。
感想としてはやや強引な幕引きではあったが、捕食された人々が甦り、ハッピーエンドだったのはよかったのではないだろうか？
ただ、ラスボスが永倉博士だったのはどうかと・・・
それから、ＷｏＯが怪獣を呼び寄せる経緯の説明がなかったので、ここからは個人的意見。
ミサイルによって生物が汚染されてしまい、突然変異であのような姿になったのではないかと。権田とコンタクトを取ろうとしていたＷｏＯは権田を自分の卵へ避難させ、残りの破片がアイの手に渡った。
だから、ＷｏＯ自体は怪獣ではなく仲間を呼ぼうとしたが、怪獣がきてしまい、アイを守る為に戦う事になったのでは？
この結末は賛否両論ありそうですが、４０年前の幻の企画ではどうだったのかが気になる作品でした。