水稲栽培で得たバイオマスからエタノールを製造する、という前提で最初のプランを考えます。

(1) 準備段階
(1-1) セルロース系エタノール製造技術を確立する
(1-2) エタノール製造用水稲品種を開発する
(1-3) 荒れた休耕田のうち、再整備する場所と放置し続ける場所を選択する
(1-4) 再整備すると選択した休耕田を再整備する
(1-5) エタノール製造工場の立地を検討する
(1-6) エタノール製造工場を建設する

(2) 実施段階
(2-1) 水田で水稲を栽培する: 播種 → 施肥&農薬散布 → 収穫
(2-2) 収穫した水稲の茎/葉部分を工場へ搬送する
(2-3) 工場でバイオマスを加工し、エタノールを製造する
(2-4) 製造されたエタノールを都市などの消費地へ搬送する

とりあえずはこういうことですね。

もう少し細かく補足しましょう。

水田は狭い範囲に集中して存在するわけではありません。日本各地に散在しています。農村地帯に広く存在しています。

水田の面積には、山村の棚田も含まれています。

山村は過疎化が進行していて休耕田がかなりあるはずです。では、そういう休耕田をエタノール原料栽培に供することができるでしょうか?

こういう問題は、エネルギー収支という概念を理解していれば、割と簡単に考えられます。