農林水産省の影響で、農協は「エタノール直接混合派」です。私は穀物を原料とすることに長期的には反対ですが、バイオ燃料を普及させたければ当面は仕方がないのかもしれないとも思っています。

日経産業新聞 6月13日(水) p14
「エタノール混合ガソリン 新潟で09年発売 JA全農、コメを原料に」

(Quote) 全国農業協同組合連合会(JA全農)は二〇〇九年から、新潟県とその周辺で、バイオエタノールをガソリンに三%混ぜた燃料(E3)を発売すると発表した。四十箇所の系列ガソリンスタンドで年間三万三千キロリットルを販売する見通し。バイオエタノールの製造から販売までをJAが新潟県内で一貫して実施する。農林水産省の「バイオ燃料地域利用モデル実証事業」に採択された。

 新潟市内の系列工場内に年一千キロリットルのバイオエタノールが生産できる工場を建設する。原料は地元新潟県で製造する食用米よりも多収穫が期待できる品種のコメを利用する。年間二千二百五十トン程度を使う見込み。このエタノールを聖籠町のJAの石油基地でガソリンと混ぜて、E3を製造する。

...(後略)... (Unquote)

やはり、石油元売り業界が懸念する通り、石油元売り業界を通さず別ルートで燃料が製造・販売されることになりますね。