発酵工程が直面している課題については、その問題のかなりの部分が取り除かれたという報道が最近ありました。そちらをご紹介しましょう。
それをご覧いただければ、発酵工程で抱えている（或いはこれまで抱えていた）問題の一つを理解することができます。
これについては、forever2xxxさんに先を越されています。
forever2xxxさんのブログ
http://blog.goo.ne.jp/forever2xxx/e/94a16d1b272a063a4676ec271c90a745
ホンダのウェブサイト
http://www.honda.co.jp/news/2006/c060914.html
前処理工程と加水分解工程において「阻害物質」が生成され、その「阻害物質」が発酵の邪魔をする、というわけです。
この「阻害物質」については、エネルギー省の報告書でも "inhibitors" という表現で度々言及されています。
エネルギー省の報告書によると、この阻害物質は以下のような物質だそうです。
・アセテート
・ポリフェノール類
・セロビオース
セロビオースはオリゴ糖の一種なんですが．．． 皮肉なものです。
セロビオースに限らず、加水分解によって得られたブドウ糖などの糖分子の溶液中の濃度があまりに高いと、やはり発酵の妨げになるのだそうです。
ホンダおよびホンダと共同研究したＲＩＴＥは、残念ながら「どうやって阻害物質を発生させないようにできたのか」について詳しく発表してはいません。
エネルギー省もこの成果に注目しているかもしれません。英語メディアでも報じられてますから。