バイオエタノールの原料は色々可能性はあるが、世間では主に３種類が念頭に置かれている。
１．さとうきび ・・・ ブラジルでさかん
２．とうもろこし ・・・ アメリカでさかん
３．植物の繊維質（セルロース）・・・ これはまだ研究中だが、脚光を浴びてはいる
糖を得られればエタノールを製造できるので、さとうきびやとうもろこしが入手できないと製造できないというわけではない。
米や小麦やじゃがいもや甜菜に含まれる澱粉や蔗糖からでも作れる。安く大量に炭水化物を得られるなら、さとうきび・とうもろこし以外でも構わない。現状では、さとうきびを大量生産できる環境だと、最も効率よくバイオエタノールを生産できる。
セルロースはそのままではエタノールの原料にはならない。何らかの方法で糖に分解しなければならない。