配列の内容を文字列ではなく数値としてソートするには以下のようにします。

array.sort(comparator);

function comparator(value1, value2) {
var index1 = parseInt(value1);
var index2 = parseInt(value2);
return index1 - index2;
}


比較関数(上記の場合はcompareator関数)を入れ替えることにより、色々な順序や方法でソートすることができます。