in silico

in silico

in silico（イン・シリコ）は、in vivo や in vitro などから派生して作られた用語で、「シリコン内で」というニュアンスであるが、実際の意味は「コンピュータを用いて」というものである。バイオインフォマティクスなどの研究で頻繁に見られる表現である。

silico はシリコン（ケイ素）で、コンピュータの半導体にシリコンが使われていることからこのような表現になった。

分子生物学などの実験や測定は通常、ウェット (wet) と呼ばれるように細胞や各種の生体分子を実際に取り扱いながら行われる。それに対して、実験や測定に関連するシミュレーション計算など、実際に対象物を取り扱わず計算で結果を予測する手法を指して in silico と呼ぶ。

Tm(melting temperature)

このまえ、ぱっと説明できなかったので調べておくことにしました。

Tm(melting temperature)
プライマーの設計にはTm値の計算が不可欠である。Tm値とは二本鎖DNAの50％が一本鎖DNAに分かれるときの温度である。

DNA二重らせんにおいて、相補鎖間のA-T間の水素結合は二本。G-C間では水素結合が三本。
G-C間の結合はA-T間と比較して安定で、GC含量が多いDNAはTm値が高くなる傾向がある。

ふだんは
GC%　30～70くらい
Tm値は57～64℃くらいにしています

PCRはdenature94→annealing62→extension72℃で30cycleくらい、アニーリング温度がすこし高めです。。
アニーリング温度はTm値より低くするのがセオリーみたいですよ(5度くらい)
そこまで意識しておりませんでした

もっと勉強しないといけないものですね


今日はgenescanのサンプル回収→頻度の計算
報告の作成です。

ADL

日常生活動作
移動： 案内, 検索

日常生活動作（にちじょうせいかつどうさ）、ADL（英: activities of daily living）とは、食事・更衣・移動・排泄・整容・入浴など生活を営む上で不可欠な基本的行動を指す。それぞれについて自立／一部介助／全介助のいずれかであるか評価することで障害者や高齢者の生活自立度を表現する。最近は、日常生活活動と言われることが増えてきている。

日常生活動作は、単に能力を回復するだけでなく装具や施設を対応させることでも向上させることができる。障害者でも健常者と同じように使用できることを目指した設計はユニバーサルデザインと呼ばれる。

また、日常生活動作周辺の動作として、日常生活関連動作IADLがある。
日常生活動作の評価項目 [編集]

100点満点でスコアリングされる。その項目は、食事、椅子とベッド間の移動、整容、トイレ動作、入浴、移動、階段昇降、更衣、排便自制、排尿自制である。

口腔について

解剖学的に口腔とは、口峡の部分から前方、軟口蓋、硬口蓋、頬部(頬粘膜)、口唇、舌、口腔底、歯肉などを指す。 口腔癌は、腫瘍の発生部位に応じて亜分類される。

咽頭（いんとう, Pharynx）とは、脊索動物門固有の器官で、消化管の前部で口腔と食道の中間にあり、胚の時期には、両側壁にいくつかの咽頭嚢が前後に並んで発生する部分のことである。咽頭と食道または喉頭の境界は第6頸椎である。

鼻腔に続く口蓋のレベルより上の部分を上咽頭（epipharynx）、鼻咽腔（びいんこう/びいんくう）、あるいは咽頭鼻腔部（nasopharynx）と呼ぶ。呼吸器（上気道）の一部を構成している。

咽頭の第2の部分は口を開けると見える中咽頭（mesopharynx）であり、咽頭口腔部（oropharynx）ともいう。

最下部の下咽頭（hypopharynx）は咽頭喉頭部（laryngopharynx）ともいい、喉頭の後方から両側方にかけて存在する腔で、ここから気道より分かれた消化管となる。

↑wiki先生より。なんかぱっとしない。

モノクローナル抗体

モノクローナル抗体（モノクローナルこうたい）とは、単一の抗体産生細胞に由来するクローンから得られた抗体（免疫グロブリン）分子。通常の抗体（ポリクローナル抗体）は抗原で免疫した動物の血清から調製するために、いろいろな抗体分子種の混合物となるが、モノクローナル抗体では免疫グロブリン分子種自体が均一である。抗原は複数のエピトープ（抗原決定基）を持つことが多く、ポリクローナル抗体は各々のエピトープに対する抗体の混合物となるため、厳密には特異性が互いに異なる抗体分子が含まれている。これに対してモノクローナル抗体では、一つのエピトープに対する単一の分子種となるため、抗原特異性が全く同一の抗体となる。

通常、抗体産生細胞を骨髄腫細胞と細胞融合させることで自律増殖能を持ったハイブリドーマ (hybridoma) を作成し、目的の特異性をもった抗体を産生しているクローンのみを選別（スクリーニング）する。この細胞を培養し、分泌する抗体を精製して用いることになる。モノクローナル抗体を作製する方法を1975年に発明したジョルジュ・J・F・ケーラーとセーサル・ミルスタインは1984年にノーベル生理学・医学賞を受賞した。

最近では、動物を使用しないファージディスプレイでのモノクローナル抗体作製が行われている。ハイブリドーマを使用する作製方法とは違い、ファージディスプレイでの作製では、完全なるクローンでの追加抗体作製が可能で、安定的に研究を行うことができる。 国内では、ジーンフロンティアが、サービスの提供を行っている。