とりあえず自分のマシンでは
・月ごとのフォルダ
→お客様毎のフォルダ
→案件別のフォルダ
→元素材など
→提出したPDF等
→制作中のフォルダ
→修正前のフォルダ
→入稿最終データ
簡単に言うとこんな階層で分けています。

(↑お客様や案件によって違ったりしますが大体こんな雰囲気です)
その他、素材集やフリー素材は別フォルダ・・・
よく使う印刷用のテンプレート等も別フォルダ・・・
後、お客様によっては毎回必要なデータや
テンプレート等もあるのでそれも別フォルダにしています。
ちょっと不便なのは
同じお客様の古いデータを遡るときですね。
雑誌等の定期ものは前号のデータから流用することもあるので、
それが季刊とかだったりすると
「この前は何月だったかな?」と、ちょっと探さないといけないことです。
今ブログを書きながら思ったのですが
お客様ごとにもフォルダを分けて、ショートカットをまとめると良いかもですね。

ちょっとそこまで手が回っていません^^;
同じお客様の前の月のフォルダや
以前の同じ案件にショートカットを貼るくらいしかしていないので
導入しても良い方法かもです。
外付けのハードディスクには古い方から
年→月毎にそのまま保存をしています。
mac本体は一年分くらい残っていますが
昔より案件数も増え、あっというまに容量が厳しくなるので
せめて数ヶ月だけにしようと移行中です。
派遣時代に何社かDTP系の会社に行きましたが、
社内で徹底してマニュアルまで作ってルールが決まっているところ、結構個人個人で自由に任されているところと結構ありました。
多分自分の分け方はどこかの会社の影響だと思います。
他の同業の方はどんな風にフォルダ分けしているのか気になるところですね。
でも何故かあっというまに汚くなるデスクトップ・・・不思議です><;