「本家」というのは月額登録アプリのこと、「GREE版」とは基本無料で遊べるGREE版アプリのことです。
この２つの大きな違いと言えば、「藤堂平助√」があるかないかと、BGM及び花エフェクトのあるなしですね。
システム的な問題で、今後も平助√が本家で配信されることはない……らしいです(´･ω･｀)
シナリオは本家もGREE版も全く同じ。
ただ、一部キャラで選択肢が違う場合があるようです。
たとえば、この選択肢だと本家では風終幕なのにGREEだと月終幕になっちゃう、とか。
あ、ちなみにエンドの種類は３つ。花終幕(ﾊｯﾋﾟｰｴﾝﾄﾞ)・月終幕(ﾉｰﾏﾙｴﾝﾄﾞ)・風終幕(ﾊﾞｯﾄﾞｴﾝﾄﾞ)です。各終幕スチルがあるので、全部回るのもアリかと思います（ ´∀｀）
あと、花終幕狙うなら本家プレイした方がいい。
GREEはキーアイテムが被りありのガチャでしか入手出来ず、しかもそれが一回５００円というボッタクリ(笑)
公式コミュでみなさん怒っております…
私は花終幕を本家で、他２つをGREEでプレイしました。
シナリオ良し、イラスト良しのアプリですので、オススメです(*^.^*)