今日は人骨発見場所の近くから靴が発見されたとのことで追記です。
発見された靴は右足用で、サイズは20cm、色はエメラルドグリーンで、行方不明当時に美咲ちゃんが履いていた靴と同じメーカーのロゴ(ローマ字で"SYUNSOKU")が入っており、サイズも一致とのこと。
FNN「見つかった運動靴は右足側だけで劣化しており」
毎日新聞「経年劣化で靴はかなり色あせていた」。
下の画像、TBSのニュースより

あと、発見された頭蓋骨の一部とされる人骨について、いまさらですが以下のような状況とのことです。

大きさについては「数センチ×数センチ」ではなく、「直径十数センチ」との情報もあります。

報道によれば、骨は死後数年経過したものとのことですが、上の画像のように「帆立て貝の殻のようなイメージ」というからには、いわゆる「後頭骨」かその一部ということになるのかな、と想像しました。
帆立て貝の殻の一例

後頭骨の一例

また新たな事実が出ましたら追記をさせていただきます。