注意
以下ストーリーモードのエンディングの内容を含む強いネタバレ要素があります。
アメコミ調のエンディング（River City Girlsもそうでしたが、Way Forwardはこういう演出が好きですね。もっとも、こちらはコマ割りまではされていませんが）でルシアの本名が「レイチェル・ルシア・ドレイク（Rachel Lucia Drake）」であることが判明します。
ドレイク博士との関係をうかがわせるドイル指令の台詞もありますが、これまでのシリーズのルシアとどう繋がるのか明らかにはなっていません。
また、ストーリーモードに登場しては度々狙撃されるブラッドリー（そういえば、彼が狙撃されるのはどれもバイク面でした）が遺伝子操作された結果『ハードコア』のプレイヤーキャラ、ブラッド・ファングに変化し、これまで彼を執拗に狙撃していたスナイパーの正体が『ハードコア』で彼とチームを組む女戦士シーナ・エトランゼであることが判明します。
ブラッドの目的が魂斗羅の絶滅であることからシーナは「プランB」に移行すると相棒のブラウニーに語っています。（あれだけ狙撃しても倒せないなら、当初のプラン＝魂斗羅を襲う前に倒すは放棄するでしょう）
ブラッドの設定が『ハードコア』の「急速に発達した遺伝子工学とサイボーグ技術が生んだ最強の戦士」から若干変化している気がしますが、リブート（≒仕切り直し）と考えれば誤差の範囲内ですし、遺伝子工学やサイボーグ技術が急速に発達した理由には触れていないのでこれでも大丈夫ですね。
『ハードコア』他関連作（日本未発売）の主人公でありながら本作に名前しか登場しないレイはアカデミーを卒業したばかり。それに対してシーナは既に魂斗羅とは別にガルガ諸島に潜入し、作戦行動を取っています。一体何歳なんだ。
いや、それ以前にシーナはブラッドリーがビルとランスを殺すように遺伝子操作されている事をどうやって知ったのか、
彼女が所属するハードコープス部隊は連邦内のどの組織に所属しているのか（基本的に魂斗羅の援護のために動いているので連邦の組織だとは思いますが、X-FLOのルシアもスナイパーの存在を知らないので、海兵隊とは別の命令系統で動いていることが想定されます。
※6/4追記
などと思っていたら、ストーリーモード2面クリア時には未確認の作戦行動を確認済み。
情報収集はルシアの得意分野だけのことはあります。
依然としてハードコープス部隊の所属や目的は不透明なままです。
またステージ5で待ち伏せしているのは、ブラッドリーの移送計画を把握しているとしか思えません）、
そして「プランB」とは一体何か、次回作に繋がるであろうエイリアン戦争やルシアの消息ともども気になる要素です。