今回は各ステージについて。
本作は前述の通り1作目のリブートタイトルではありますが、
歴代作品のオマージュが随所に散らばっているのも、ファン心理をくすぐります。
スタンリーの所属するGX軍が行方不明になるというシナリオは、
『SUPER魂斗羅』のバックグラウンドストーリーを踏まえたものと思われます。
STAGE１のボスが要塞ゲートなのはお約束通り・・・・
ですが、DS版を経験したプレイヤーなら一度破壊しただけでは終わらないと思っているでしょうが、DS版とは違う展開が待っています。
STAGE２は1作目にはないバイク面ですが、バイクに乗ってチェイスを繰り広げる展開は過去作にもありました。
要塞内を進むステージという意味では初代のオマージュ的要素もありますね。
ストーリーモードではここで傭兵のブラッドリーと遭遇、彼は人体改造を行うレッドファルコンから脱走を図り、レッドファルコンのみならずスナイパーからも追われており、現に狙撃されます。
当初の作戦で確保対象となっていたレッドファルコンの中尉がここを守っています。
中尉の乗る戦車っぽい乗り物は重装甲掃討車ドグラでしょうか。
ＳＴＡＧＥ３はアリアナの住んでいた村から始まりますが、中ボスの恐るべき浮遊兵器（旧名高速反重力ホバー）グルタフを倒した後の後半はおなじみの滝登りが待っています。
電柱が立っていたり、村の状況やアリアナが銃を使いこなしている様子を見るに、
彼らは文明に取り残された部族ではなく文明を受け入れつつも遺跡を守るためにガルガ諸島に住み続けている戦士の子孫たちという印象です。
ついにレッド・ファルコンの裏で暗躍する謎の司令官・バラニスが姿を現します。
頂上ではやはりおなじみのボス・陰獣魔神像グロマイデスが待ち構えています。
（登場作によってかなり外見が異なりますが、本作はＤＳ版の2面ボスに近い印象です）
ＳＴＡＧＥ４は研究所。DS版にも出てきた爆発するゾンビたちも登場。
ファミコン版『SUPUER魂斗羅』に登場した中ボス烈撃六連機動砲スパイダルを倒した後は『魂斗羅スピリッツ』に登場したギガフライの大群が待ち受けています。
最深部まで進むと初代のラスボス・天王創魔心ゴメラモスキング（らしきボス）が登場します。
ここでルシアが合流。
ＳＴＡＧＥ５は雪原を列車に乗り、途中でバイクに乗り換えて進みます。
列車にはブラッドリーが捕まっており、再びスナイパーに狙われます（一瞬スナイパーの姿が画面に映ります）。
中ボスはコマを投げてくる兜鬼巨神兵ゴルデアですが、列車を離れた後のタイマンでのバトルは『ハードコア』における高機動追尾ロボ・OH・ウタマロ戦を髣髴とさせます。
ボスはDS版で見た蟲っぽい何かです。毒液を吐き、幼生を吐き出し、爪で攻撃してきます。
STAGE６はアリアナたちが代々守ってきたレムリスが眠る遺跡。
初代で言うエネルギー伝導管地帯をモチーフにした、吹き上げる炎が魂斗羅の行く手を阻みます。
此処を守るロボットはDS版に登場したプロボテラーのような変形型です。
中ボスは神殿の守護神、初代魂斗羅ことベオウルフです。
ベオウルフを倒すと、バラニスにレムリスを奪われてしまいます。
魂斗羅たちは彼を追って神殿の奥へと進みます。
ボスはおなじみの大覚ロボビッグファズ。
眼から追尾ビームを放ち、爆弾を投げ、口から吐く炎といったおなじみの攻撃以外のパターンもありますが、手のひらからビームを放ったり、側壁に張り付いていると手の甲で叩き潰してきたり、
岩を落として来ます（最後の自滅も岩が直撃するパターンに）
STAGE７ではついにエイリアンの巣へ突入。
初期の魂斗羅最終面でよく見られた圧倒的物量に物を言わせる雑魚ラッシュが魂斗羅を待っています！
中ボスは魂斗羅スピリッツのメタルエイリアン。
攻撃パターンも豊富で、後半のボスらしいかなりえげつない攻撃をしてきます。
ストーリーモードでは、ここでスタンリーとブラッドリーを救出。
ボスは陰獣キムコウっぽいと思いましたが、海外版の実績画面でキムコウと確定。
最終面となるSTAGE８
バラニスとの最終決戦を経て、ラスボスが待っています。
ストーリーモードではストーリーの都合上、バラニス撃破後ルシアが使用不可能になります。
（ステージスタート時にルシアを選んでいた場合、ここで強制交代）
ラスボスも天王鬼龍神ジャバと海外の実績で判明しています。
真横から見た顔は確かにそれっぽいですが、龍を出すなど攻撃パターンが豊富になりすぎて天王鬼ギャバでは？と錯覚するレベルです。
一番ジャバっぽいのは、ラスボス戦で足場から顔を出してくる奴ですね。
といった具合で、過去作のオマージュ要素をふんだんに盛り込んでいます。
本作で初めて『魂斗羅』シリーズに触れる人もシリーズのハードコアなファンも90年代までに発売された歴代シリーズを収録した『魂斗羅アニバーサリーコレクション』にも触れて欲しいです。（セーブデータ連動でレトロ仕様のBGMがアンロックされます）