本来は「バルキリー」というのはVF-1につけられた愛称（通称）であり、マクロスシリーズの可変戦闘機にはそれぞれ愛称（通称）があります。
ただ、あまりにも「バルキリー」という名前が浸透しすぎたため、可変戦闘機全般を指す言葉にもなっているようです。
テレビゲームがなんても「ファミコン」で通じたり、携帯型音楽プレイヤーが「ウォークマン」で通じるのと似た感じですね。
今作のVF-25の通称は「メサイア」です。
メシアとかと同じ語源で救世主とかの意味ですが、作中で出てきていないし、浸透していないですね。
まあ VF-0 フェニックス とか VF-19 エクスカリバー も浸透していないし、こんなものってところで。
VF-19改 ファイアーバルキリー ってのだけはなぜか浸透しているが、これも本当ならエクスカリバーらしいね。
詳しい説明はwikipediaを見るといいでしょう。
可変戦闘機 (マクロスシリーズ) - wikipedia
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%8F%AF%E5%A4%89%E6%88%A6%E9%97%98%E6%A9%9F_%28%E3%83%9E%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%82%B9%E3%82%B7%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%82%BA%29