EC-CUBEを試しています。2.4.3。
（レンタルサーバーについてるものなので、ちょっと違うかもしれません。）
カードに入れた後、購入手続きを進める際や、会員登録・ログインの際は、SSL接続してくれないと困ります。
試してみたところ、自動的にはSSL接続に変わってくれなかったので、？？？と思っていたのですが、分かりました（たぶん）。
◎EC-CUBEでのSSL設定（独自ドメイン）
インストール時に入力を求められる「URL（セキュア）※」の項目欄にSSL用のURL（https://独自ドメイン名）を登録すれば
自動的にカートなどのSSLが必要と思われるページのみSSLでアクセスするようになります。
(設定されていないページがあった場合は手動でソースコードを修正しなければなりません)また、すでにインストール済みの場合は/data/install.incの5行目付近define (’SSL_URL’, ‘https://独自ドメイン名/’);の値を修正すれば設定可能です。
変更してみたところ、うまくいっている（SSL接続になっている）ような感じです。
カートに商品を入れ、購入手続きに進んでみまいた。
（私が試しているものは /data/install.php）
設定変更前は、自動で 非SSL → SSL の切り替えはされませんでしたが、
変更後は切り替えされているようです。
フォルダごとに.htaccessを設定しないといけない～？？？と思って困っていたのですけど、
しなくて大丈夫でした。よかった。