/var/log を見ていると lotate されていないログがあったので、/etc/newsyslog を見直しました。
意外と気にしないでいたのですが、newsyslog は cron で動いていて、cron は
/etc/crontab に書いてあります。
0 * * * * root newsyslog

もう10年以上もFreeBSDを使っているけど知らないこといっぱいです。