文書中にて他の文書へのリンクを作るとJoplinアイコン(？)が入って邪魔なんで困っていましたが下記の方法で解決しました。
<a href=":/～">リンク</a>の形式で記述することで動作する。
":/～"の部分はMarkdown形式でリンクを作ってその中からアドレスをコピーするだけ。
ドキュメントをきちんと確認してないので、将来も動作するのかは不明ですが。
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[リンク](:/d84876....................ba0)
↓change
<a href=":/d84876....................ba0">リンク</a>
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Ver2.12.19では動作しなくなっていたのですが、Ver2.13.8で試したらまた復活してました。
joplin link icon disable / J icon
update 2023.12.08