Joplinでノートを削除してしまうと復元することができないようです。
間違って編集したようなケースでは、編集したノートを表示して、右上の(i)アイコンを押すと復活できるようです。
仕方がないので、[ヘルプ]-[プロファイルディレクトリを開く]でデータベースファイルがあったので、
適当なツールで開き、item_changesテーブルの列before_change_itemを見たら、消えたデータがあったので、そこからエディタで必要な情報を取り出し無理やり復活してしまいました。入っているデータが多いと探すのは大変です。
あまりよくない復活方法ですが、またノートを消してしまった時の為に。