私は現在、cocos2d-x ver 3.9を利用しています。
Win10アプリに移植する際、いくつかの修正箇所が あったので
同じようにつまったら修正箇所を参照 してみるといいかもしれません。

Win10アプリはwindows phoneのアプリとしてもリリースできますので、
今後コアユーザが安いwindows phoneを手にした際に、
ダウンロードされる可能性もあります。

Win10アプリは色々審査基準も変わっていて、移植しやすく
なっています。
その気になる変更点も下に記載しておきます。  

●プログラム関連の話

エフェクトは鳴ってもBGMが鳴らない場合

・ファイルパスに日本語が含まれている場合、BGM再生に失敗する場合があります。
・どうしてもならない場合は、BGMをエフェクトとして再生すると正常に鳴ります。

BGMを2回目に再生時アプリが落ちる

・Win10用では、最初にハッシュをかけたファイル名でキャッシュファイルを作成し、
その後再生するようになっています。  
2回目再生時はそのキャッシュファイルをそのまま使おうとしますが、うまく読み込めず
 アプリがすっころびます。
これを回避するため、キャッシュファイルがあっても必ず削除するように修正を
加えれば正常に動作します。

日本語が文字化けする

・文字コードがS-JIS?か何かとして出力されるため、正常に文字が表示されません。
そのため、テキストデータはすべてUTF8等に変換してからsetStringに入れる必要が
あります。

標準で使われるフォントがおかしい

・普通にsystemFontで利用しようとすると、日本語が文字化けします。
そのため、自分でフォントファイルを準備してそれを使うように修正します。
私はcocosBuilderを使ってUIを作成しているので、cocosBuilderで読み込む際に
 Label系を全て探し出してフォントを変更
することで対応しています。

x64はコンパイルできない

・cocos2d-x ver 3.9では、x64がコンパイルできません。
そのため、x86とARMのみコンパイルして申請する必要があります。
なんかアプリがリリースされた後、x64対応してないのにx64対応みたいな 表示が
出る時がありますが、マイクロソフトのバグでしょうね。  

●審査に関する変更

キーボード対応は必須ではなくなった

・Win8.1用アプリでは必ずキーボードにも対応する必要がありましたが、
Win10アプリはWindows Phoneもターゲットとしたユニバーサルアプリが作成できます。
windows phoneはキーボードを持たないことから、アプリ申請時に
どのインターフェイスを利用するか選択できます。
そこで、マウスとタッチスクリーンだけ選択しておけば、
 キーボードの対応は不要
となりました。
そのため、簡単にスマホ向けのアプリを移植することが出来ます。

広告やネットワークを利用するアプリはプライバシーポリシーの外部リンクが必要

・Win8.1アプリでは、アプリ内にプライバシーポリシーの表示リンクが必要でしたが、
Win10アプリではアプリ内にプライバシーポリシーは不要となりました。
アプリ申請時にプライバシーポリシーが記載されたURLを記入しておくだけで
よくなっています。 内容は私のサイトを参考に必要な部分だけ変更すればOKです。
サンプルはこちら♪

アプリ申請時、リリースしてはいけない地域がある

韓国、ブラジル、ロシアを外してリリースしましょう。
この3か国は、年齢制限のマーク?を取得していないとリリースできないようです
。 この3か国以外は年齢制限マークなしでもリリース出来ます。

アプリ審査時間は短い

・アプリの審査を出すと、早ければ3時間後位から審査が始まり、
1~2時間経過すれば通過します。  
最短4時間
程度、長くても1日以内で審査結果が出ます。

デベロッパー登録が安くなった

・ちょっとうる覚えですが、2000円しなかった気がします。
しかもandroidのように、登録は1回しておけば毎年払う必要はなくなっています。

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如何でしたでしょうか。
まだまだWin10アプリは少ないですが、今後徐々に増えていくと予想されます。
移植もそんなに難しくないので、cocos2d-xを利用されている方は申請してみては如何でしょうか?