幼き日に最愛の母親を亡くしたエドワード（以後エド）とアルフォンス（以後アル）のエルリック兄弟は、母親を生き返らせようと、錬金術において最大の禁忌＜人体錬成＞を行ったが失敗。兄・エド（11歳）は左脚を、弟・アル（10歳）は全身を失ってしまう。エドは自身の右腕を代価として、アルの魂を何とか鎧に定着させたが、自分達の愚かさに気づく。その後エドは自ら失った右腕と左脚をオートメイル（機械鎧）をつける手術を受け、一時的に手足を取り戻す。
12歳となったエドは、国家錬金術師となり二つ名・「鋼」を授けられ、アルと共に元の体に戻る為、絶大な力をもつ賢者の石を探す旅に出る。しかし、旅には数々の試練がエルリック兄弟を待っていた。人ならざる人・ホムンクルスや、傷の男・スカーなど、多くの強敵が現れる中、兄弟は絆を深めながら元の体に戻る方法を探す。
Wikiから引っ張ってきた解説を無断転載。
伝説の第７話「合成獣＜キメラ＞の哭く夜」で衝撃を受けてから最後まで衝撃的というか、戦争や虐殺、殺人、暴力が本当に多く盛り込まれ、主人公は物語を通してずっと心に痛みを抱え続け、・・・それを乗り越えていく少年の成長物語というにはあまりにも惨い。やがて「賢者の石」の精製法に行き着いても、それは多くの犠牲を孕むもので、自分の欲望のために大勢の人間を犠牲にできるか？・・・それを思い悩み続け、最後には弟のために自らを犠牲にすることを選択する。こんなに背負わせなくてもと思うくらいに背負いすぎです・・・。
・・・なんだかとっても今更で恥ずかしい限りですが、春先くらいから毎日アニマックスで放送していたものを録画し続け、ついに最後まで見ることができました。やっと私の中でアニメ完結。ブラボー。
ハガレンは長くてそしてとても難しい話なので（とても土曜の夕方に放送するような内容じゃない）最初の本放送時は途中脱落して「最後どうなったん？？」というような状態だったのですが・・・さすがに毎日やってくれれば！ということで見ましたよ全部。ええ。平日は帰宅も遅く忙しいので休日にまとめて見てさらにドキドキ感アーップ！かなり待ちわびながら楽しみに見ていたので今回はさすがに続きました。
もちろん本放送時も私はハガレンがとても好きでしたが、実は腐女子萌えはほとんどしていませんでした。それができなかった理由がやっとわかりました。あまりにも物語が重過ぎたからです。だからいま完結したものを思い返してもその完成度はなかなか秀逸だったと思いますが、萌えたな～！という記憶は一切なし。萌えの入る隙間などなし。だからそういう意味では萌えないアニメでした。原作はあまり絵が好みでないので途中で買うのをやめてしまいましたが（笑）なんと１６巻まで出ているそうな。アニメとはラストが違うといううわさも聞くので原作の展開も気にはなっているのですが、まあアニメ（と映画）で完結しているラストは嫌いではないので（いやむしろ好き）これで十分かなと自分なりに納得しています。ていうかアニメの絵のほうが断然好きだったので、もうどうしようもないかと。そんなに違いはないと思うんですがね・・・なんでかな。
しかしこれで、完全に終わったかというとそうではないような気もします。映画のネタバレになってしまいますが、異世界で再び出会った兄弟はそれからどうしていくのか、とか・・・いろいろ。そういえばラースはどうなったんだっけ。やっと最後まで見れたのでもう一回映画を見返してみたいなあ。