結論から先に言うと、功より罪の面が大きいと思います。
良かった面はせいぜい新車が安く買えたことと自動車メーカーの雇用に貢献したぐらいで、あとは全て悪いと言っても過言ではないでしょう。
最大の欠点は、やはりまだ乗れる車が次々とスクラップになって行ったことでしょう。「エコカー」と自称するからにはこれまで乗って来た車が中古車市場に転売出来るわけもなく、その結果経年13年以上の車が次々とスクラップになって行きました。極端な話、スターレットからアルファード等の大型ミニバンに乗り替えるのがエコになるんです!
加えて一層マイカーへの転移が進んでしまったのも大きな問題と言ってよいでしょう。もっとも、これはエコカー減税そのものの問題ではなく、ひたすら車使えと喧伝するテレビ等のマスコミが悪い面もあります。しかし車が買いやすくなったのと相まって、マイカーへ転移する人が増えてしまいました。その結果、とりわけ郊外で交通量が増えてしまい、渋滞が悪化する一因となりました。
何より、エコカー減税の最大の問題は、減税基準が車両重量に対する燃費であり、コンパクトカーよりも装備てんこ盛りな大型ミニバン(当然ながら絶対的燃費は大型ミニバンの方が悪い)の方が減税額が多いというちぐはぐな状況が見られたことです!しかもオプションを付けて重くなればなるほど減税額が多いという矛盾(例えばギリギリで1.5tを切るノア等の小型ミニバンがオプションてんこ盛りで1.5tを超えると減税額が上がる)が度々見られました!

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本当はもっと多く書きたかったのですが、あまり書くと恐ろしく長くなり、また要点がぼやけてしまうので、短めに抑えました。