レーザーポインター が登場して以降、これを使った悪戯や事件なども起こっており、社会問題となっている。
レーザーポインターは(赤色レーザーポインター 、青紫色レーザーポインター 、緑色レーザーポインター )、主に半導体レーザーを利用した器具で、現代ではプレゼンテーションや教育の場で、印刷ないし書き示された図表やプロジェクターで表示した映像などの一点を指し示すために利用される。その多くは乾電池（一部ACアダプタ、あるいはPCのUSB端子接続）を電源として動作する道具で、様々な場で利用されている。
コンサート
出演者に向けて照射される事件は世界中でたびたび起こっている。最近では2008年に松田聖子に向けられたケースがある。
プロ野球
1997年のプロ野球シーズンで、8月に行われた大阪ドーム球場での試合中、ヤクルトスワローズの選手だった吉井理人投手の目の付近にレーザーが当てられるという事件が発生。吉井投手本人は当てられたと証言し、映像でも確認された。この事件によりレーザーポインターの存在とその問題点を広く世間に知らしめることになった。また、翌年1998年5月には、阪神タイガースの選手だった川尻哲郎投手にも、阪神甲子園球場での試合後のインタビューの際に顔にレーザーが当てられ、その様子がTVで中継されるという事態まで生んだ。悪戯か妨害かその目的は不明のまま、結局犯人も分からずにいる。
サッカー
フーリガンなどマナーの悪いファンの存在とあわせ、問題視されている。2008年9月、バーレーン・マナーマで行なわれたFIFAワールドカップアジア最終予選「バーレーン対日本」で複数の日本選手から「観客からレーザーポインターによる妨害を受けた」と告げられた審判は問題が発生していることを認識しながら特に何も対処しなかった。また同月にクウェートで行なわれたアジアチャンピオンズリーグ準々決勝「アル・カーディシーヤ対浦和レッドダイヤモンズ」においても浦和選手がレーザーによる妨害を受けたと証言
している。
2011年3月に天津市で行われたアジアチャンピオンズリーググループリーグ第2節天津泰達対ガンバ大阪においてもGK藤ヶ谷陽介に対しレーザーが当てられ試合が中断したりするなどガンバ大阪の選手が被害を受けた。また、試合終了後もMF遠藤保仁を狙っている映像がTV中継で映っていた。（遠藤のユニフォームに長時間緑色の光線が移動しながら映っている。）
2012年9月22日に味の素スタジアムで行われたJ1第26節、FC東京対川崎フロンターレ（多摩川クラシコ）においても試合前のウォーミングアップ中に、中学生がFC東京側応援席から川崎F側ビジター応援席に向けてレーザーポインターを使用していた。試合後、川崎Fの一部サポーターは試合中もレーザー光線を向けられたとして強く抗議した。
クラス3B～4製品が使用された場合、選手に危険を及ぼす可能性がある。
競馬
競馬において、競走馬の順位を操作しようと目論んだ観客が、競走馬を狙ってレーザーポインターを使用した疑惑の問題が起こっている。ギャンブルにも絡み、公平性維持の観点から問題視されている。可視光レーザーのみならず赤外線・紫外線レーザーについても同様である。
航空機
航空機ではレーザー誘導によるミサイルでの撃墜の危険を回避するため、レーザー照射を検出するセンサー（ミサイル警報装置）を備える場合があり、こと2000年代ではテロの危険性から一般の航空機にも同種センサーを備える機体も存在する。この機体に向けレーザーを照射すると機体運行側に警告が発せられるが、これを逆手に取ってアメリカやバーレーンやオーストラリアなどでは離陸中ないし飛行中の航空機にレーザーを照射し警告を発報させる事件も発生している。一般向けレーザーポインター程度の出力では到達距離がたかが知れているため余り関係ないが、高出力のレーザーポインターによるこういった事件は問題視されている。また、2008年にはシドニーの飛行場でパイロットの顔に向けたレーザー照射で一時的に視力障害が発生、こちらは規制が議論されている兵器における「目晦ましレーザー兵器」に絡んで、更にはテロリストによる悪用を防ぐ観点から、一般への流通が規制されており、同事件を受けては販売店や家庭からの一掃キャンペーンが展開されている。
誤射
逆のケースではあるが、アメリカではこれらレーザーポインターが拳銃などの照準器（狙いを定めるための装置）にも利用されるため、暗闇で照射された人が拳銃強盗に撃たれると思い、防衛のために持っていた拳銃で照射元に向かって発砲、レーザーポインター（レーザーサイト）で悪戯していた人に弾が当たるという事件が起こっている。
テロ
2009年、南極海において、シーシェパードが携帯型グリーンレーザーを用いて日本の調査捕鯨中の船舶に妨害行為を行った。調査捕鯨船は放水と長距離音響発生装置（LRAD）で対応している。
なお日本では違法品販売に関する検挙や経済産業省による指導も継続されており、2002年には高知の通販業者が違法なレーザーポインターを販売したとして逮捕され、2007年には大阪市の雑貨輸入販売会社社長がオークションでPSCマークのない製品を販売して逮捕されている。2008年には埼玉県三郷市と大阪市の業者が取り扱う非合法の拳銃型レーザー玩具などの回収を経済産業省が指示した。経済産業省により他の業者も同様な製品を販売していると報告されている。2010年1月には、インターネットで安全基準に満たないレーザーポインターを多数販売していたとして、大阪市内の輸入雑貨販売業者が逮捕されている。
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