ローテに触れていないと案外知ることのないローテの仕様とかTOPに置いとこうみたいな
アメブロの仕様上、手動でTOPに置くことになるので、今後の記事書くたびに編集することになりそうです。
投稿時間編集できるのかが分からないのですが・・・

★基本的な仕様
6匹のうち3匹を先発し、1匹を控えとする。
先発の3匹のうち、最初に選んだ1匹目が繰り出しのタイミングで前に来る(前衛)。
また2匹目、3匹目は後ろに置かれる(控えではない)(後衛)。
ターンごとに先発にいる3匹の技のうちのひとつ+入れ替えの13の選択肢のうちからひとつを選ぶ。
入れ替えは、前衛と控えのポケモンでしか行うことはできず、後衛は前に出してからでないと入れ替えられない。

繰り出しのタイミングで発動される特性は前衛のもののみ発動し、後衛が前に来ても発動されることはない。
特に重要なのは威嚇や天候系など。威嚇は前衛にしか効果はない。
→物理ポケモンは後衛に置く。

しかし緊張感は発動する。これは場に影響を与える特性とポケモン単体に影響する特性とで処理が違うからかと思われる(実際分からない)。

ある方に言われて気づいたが、後衛から効果を及ぼす特性は(恐らく)なく、前衛に回ったときに発動するかしないかは特性によって違うという風に理解するといいようだ。場に「出た」ときに発動する特性は繰り出し時のみ、場に「いる」限り発動する特性はローテしても効果を発動する(7/26、追加)。

後衛が場全体に影響しないものを発動しないという仕様上か、後衛の持つ風船は表示されず、また前に回ってきても表示はされない。
→風船持ちのポケモンは勿論、その可能性があるポケモン(ヒードラン、ギルガルド等)は後衛に置く。

控えのポケモンが繰り出された場合は特性の発動や風船の表示は通常通りされる。同様に、先発のポケモンを一度引っ込めて再度繰り出した場合、そのポケモンの持つ特性の発動や風船の表示は行われる。

★ローテーションする順番について
覚えておくといいのは
追い風やS上昇・下降補正を計算したS実数値
持ち物(スカーフや鉄球等)によるSの変化や技の優先度は無視する。
同速に関してはランダム。
トリル下の場合、順序は逆転する。
ぐらい。

自分が先にローテしたのに相手が先に動いた場合、相手はスカーフであるか、少なくとも同速である。
ちなみにメガ進化については、行動順と同様、進化ターンはローテーションの順序に影響は与えない。
メガ進化によりS実数値が変化する場合、次に回したターンから影響する。

★補助技系統
場全体に影響する補助技や、どちらかの場に影響する補助技は毎ターン計算されていく。
具体的には、天候ターンや追い風、トリル、壁等は毎ターン残りのターン数が減っていく。

ポケモンごとに個別に計算される補助技はそのポケモンが前に回ってきたターンの終了時に計算される。
具体的にはどくどくや宿り木、滅びなど。混乱ターン、挑発ターンなんかも同様。
これらのリセットは後衛に回すだけではリセットできず、控えに戻すことでリセットできる。
→控えのいない状態ではリセットできないと言い換えられる。
→守るやキングシールド等も同様。後衛に回して1ターン待ったもう一度選択しても連続で選択した扱いになる。2連守るみたいなことになるので確率が絡んでしまう。

積み技も入れ替えを行うまでリセットされない。
極端な話、最初のターンに積んで、一番最後のターンに回しても積み技の上昇・下降は問題なく継続する。
→ローテの壁+積みが強力とされるのはこの辺の事情から
→下降補正も入れ替えなければリセットできないということは竜星群やオバヒなんかは一定のリスクが伴うということである。

道連れの仕様についてだが、道連れは使用したポケモン自身にかかる効果である。
つまり、道連れをかけておけば、そのポケモンを倒したポケモンは誰でも道連れにすることができる。
道連れ発動ターンに誰がいたかは問題ではない。
→ここまでは正しいが、道連れの効果はローテした時点で消える。
そのため、道連れしたポケモンを一度温存して再度回しても泣く。
この項目に入ってはいますが、仕様は大きく異なる。
ちなみに、封印もローテしたら効果は及ばないらしい(7/22、訂正+追加)。

癒しの鈴・アロマセラピーは自分のポケモン4匹全てに効果が及ぶ。
→物理積みの火傷ケアや積み+素眠りと組み合わせるなど(7/16追加)。

願い事は次のターンの終わりに、自陣の前衛にいるポケモンに効果を発動する。倒されたら不発する(7/26、追加)。

★拘り
持ち物で拘った場合、当然入れ替えを行うまで解除はできない。
→だからと言って使いにくいわけではない。「ローテの拘りは弱い」は勘違いである。火力や素早さというのはどのルールでも等しく重要な要素なのである。

★あと他に
フラワーギフトは前衛にその特性を持ったポケモンでないと発動しないらしい。つまり、いくら後ろでポジティブなチェリムが跳ねてても前衛は強化されず、前にチェリムが出たときでかつ晴れだったときに、強そうで強くない、少し強いチェリムが誕生する。(5世代。6世代で検証した方がいたら教えてください)

他にも聞かれたことや付け足したほうがいいことが出てきたら随時付け足します。
なので、「この仕様はどうなってるの?」とかいう質問があれば、どんどんコメントしてください。