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後白河天皇の在位期間は4年と短いが、 その後上皇として、 二条･六条･高倉･安徳･後鳥羽の5代、 30年以上の長期に渡って院政を敷いた。
保元3年に譲位した後白河上皇は、 新たな院政の拠点として法住寺殿を造営した。
平清盛が寄進し、 法住寺の仏殿として建てられたのが、 かの、蓮華王院(三十三間堂)である。
更に上皇は永暦元年、 熊野権現と 日吉山王(ﾋｴｻﾝﾉｳ･「日吉大社」)を勧請し、 法住寺殿の鎮守とした。
この内、 比叡山の東にある日吉山王を 勧請した社が｢新日吉(ｲﾏﾋｴ)神宮｣である。
当初は現在より南の 今熊野瓦坂にあったが、 その後、智積院の北に移り、 明治30年代に現在地に移ったとされる。
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