ある日米軍海兵隊海軍の前に戦艦級の進化侵略体が現れて
海兵隊は進化侵略体に一斉に攻撃をしますがびくともしない様子
そしてしおらは進化侵略体を米軍が核攻撃して来る前にパナマ運河を前に迎え撃つ事になります
だがしおは進化侵略体通称｢ムサシワンダー｣
に対して興奮して自らの手で沈める決意を固めます
そしてしおはガンジーとガリレオと３人でムサシワンダーを迎え撃ちます
しおがムサシワンダーの突破口を開き
ジャックとニュートンがムサシワンダーに突入します
そしてしおはムサシワンダーの中枢体にたどり着き
しおはジャックらの助けも有り中枢体を破壊してムサシワンダーを倒し最深部に沈みます
その後任務を終えた第二小隊はつかの間の休暇を満喫して
第一小隊は入れ替わりに出動するのだった
という展開です