林檎が転校して暫く経ったある日の朝
耕作は洗面所で笑顔の練習をしている林檎を見掛けます
ある日畑が何者かに荒らされているのを耕作と継が見付けます
そして農と耕作はかじった野菜の様子から畑を荒らしたのは猿と断定します
その後継が司会で耕作・林檎・農・胡蝶と猿対策会議をします
そして鉄線や餌付けや色々な作戦を考えて
継は耕作らに
「ハンター作戦」
を提案してアニメヲタクで吹き矢名人の大森さんを呼ぶが
素性が無職なのを不審に感じながらも大森さんが吹き矢で猿を仕留めます
だが猿は怪我をしていて胡蝶の計らいで動物園に移る事になります
その後耕作は林檎のゆか時代のライブ映像を見て
継を呼んで農の元を訪ねます
そして３人でゆかのライブ映像を見て１度も林檎の笑顔を見ていない事を相談して
農と継は林檎を笑わそうとしますが
耕作は林檎に
「私、段々笑えなくなって居れなくなったの」
と明かします
だがその夜
耕作の夢の中にガイヤが現れて
「思い出すのです耕作…ソナタ達人類は私に何をしてきたのか!?そしてソナタらは何処に居るのか!?忘れないで耕作…ガイヤはいつでもあなたにもっと耕せと囁いている」
とのメッセージを受け目を覚まします
そして耕作は農と継に林檎を連作障害の畑に連れて
耕作は自分達の畑再生プロジェクトの説明を林檎にして
林檎はそこで育てたトマトを食べて自然な笑顔を見せるのをだった
という展開です