ミサカ妹はアクセラレータとの実験に臨みます
一方ツリーダイヤグラムが破壊され計画を阻止する手立てを失いショックを受ける美琴は１人で研究施設に乗り込みます
同じ頃当麻はミサカ妹を捜して路地に向かいますがそこでミサカ妹とアクセラレータとの戦闘場面に出会します
一方美琴は計画を潰す一心で研究所自体破壊します
その頃路地を進んでいた当麻はミサカ妹の靴を見つけ奥に進みます
だがミサカ妹はアクセラレータの攻撃に追い込まれていた
そして美琴の目の前でミサカ妹はアクセラレータの犠牲になってしまいショックを受けます
一方当麻はミサカ妹の悲惨な現場を目の当たりにしてアンチスキルに通報しますが現場は元の状態になっていて戸惑います
するとそこに幾つものミサカ妹が現れて美琴は状況を掴めずにいた
そこで当麻は今居るのは美琴の軍用量産化クローンで実験をしている事を知ってしまいます
当麻は常磐台の寮を訪ねて実験の事を聞こうと向かっていた
一方美琴の脳裏にある考えが浮かび何か思い付くのだった
という展開です