美琴は研究所の中核に向かっていたが
美琴自身は傷だらけで敵と戦えるか微妙な状態だった
そんな時に美琴はフレンダの張った起爆テープを辿ると仕掛けていた爆弾を見付けてそれで対抗する事になります
一方フレンダと滝壺は絹旗と合流する為にＳフロント社に向かいますがフレンダは爆弾を回収し忘れた事を思い出します
その頃美琴は中核で待ち伏せていた麦野にフレンダの残した爆弾で対抗します
だが麦野は美琴の作戦に対抗する術を持ち合わせていてシリコンバーを使い大量の爆弾を自らの能力メルトダウナーで破壊して美琴は苦戦します
そして美琴は麦野に仕込んでいた鉄入り爆弾を食らわして気絶している隙に研究所を破壊します
だが美琴の攻撃に逆上した麦野の猛攻に美琴は一気に防戦一方に追い込まれます
しかし美琴は麦野をフレンダのトラップに追い込み何とか逃げ切ります
一方麦野は美琴が研究所を破壊する理由に興味を抱き
麦野は研究員を捕まえてそこで計画の全容とアイテムが呼ばれた理由を知ります
翌日美琴は制服に着替えていて最後の研究所に向かいます
だが美琴が乗り込んだ時には無人でデータは完全に消去され製薬会社は破綻していた
その後美琴は呆気ない終わりに戸惑いながらも黒子らの元に向かう途中で自販機でジュースを買おうとして壊れてしまい戸惑っていた当麻に出会うのだった
という展開です