高校３年の夏休み
まどかはひと戦いを終えて気が抜けたせいか未だに進路を決めておらず岩淵先生に心配されます
一方ランはレガリテの元でボクス制御の実験を行っていたが敵の襲撃に遭い辛くも脱出します
同じ頃まどかはモイドとイゾとキリウスがやっている海の家を手伝いに来ます
そこでまどかは溺れている人を助けさちとみちと３人で将来の事を話していた
だがまどかはランとムギナミの事が気掛かりだった
そしてまどかは３人でジャージ部をやっていた事を振り返りながらも忘れようとしていた
一方バロスでは鴨川で国際会議をする準備を進めていた
翌朝
鴨川に到着したバロスを見つめていたまどかとキリウスらの前にランが現れて
まどかとランは久々の再会を果たします
早速まどかはランと久々の会話を楽しみます
その頃ようこはボクス調査に奔走していた
だがランはまどかを連れてバロスに連れていきます
そしてまどかはランに頼まれてボクスに乗り込む様に伝えます
だが鴨川にムギナミの乗るボクスイグニスがバロスに接近してランはまどかに
｢ムギナミはまどかを殺そうとしている｣
と告げて出撃して交戦します
そしてまどかはボクスアウラに
｢新学期だぞ!!この寝坊助～｣
と活を入れると
まどかの思いが通じボクスアウラが起動してランとムギナミの交戦を止めさせようと出撃するのだった
という展開です