ベッドで目を覚ましたシュレードは何か変化を感じていた
シュレードは新たな旋律を奏でていた
一方アマタとカグラはアリシアをアルテアに連れ去られた時に２人になりそこでアルテアに来たときにミカゲと出会い記憶を消されカグラと名付けられ育てられたと話します
そしてアマタとカグラが戦っていた時に皆の前に伝説のアクエリオンが現れます
そこでアマタとカグラはミコノを巡り争います
だがアマタはカグラの逆さまの能力に太刀打ち出来ない状態になります
一方ゼシカはミカゲの約束を果たしてない為に生き返らせます
アマタはミコノに対する気持ちを強くなった瞬間にアマタに黄金の翼が生え大空に飛び上がりミコノを助けます
だが神話型アクエリオンが目覚めた瞬間にアブダクターに奪われてしまい
ミコノはカグラに連れて行かれてしまいます
そしてアマタとシュレードとゼシカは神話型アクエリオンを取り戻す為にアクエリオンスパーダに合体して
｢クルシフィクションソード｣
を放ちますが合体が解かれてしまいます
そしてベーガとアルテアのバランスが崩れ異常気象が起こりドナールらは危機感を覚えますが
不動総司令はアクエリオンは選ばれた人しか動かせれないと話すのだった
一方ゼシカはミカゲとの約束を果たす時が迫っていた
という展開です